DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15316 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(-c3c[nH]c4ccccc34)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(Cl)c(Cl)c2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15317 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15318 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2cc(N3CCCC3)cc3[nH]ccc23)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15319 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc3ccccc3c2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15320 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(C3CCN(C(=O)NO)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15321 COc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(Cl)cc2)c2cc(C(F)(F)F)ccc2Cl)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15322 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2cc3cccc(NC(=O)NC(C)C)c3[nH]2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15323 Cc1ccc(C(=O)NO)cc1-c1ccc(N2CCN(S(=O)(=O)N(C)c3cccc(F)c3)CC2C)cc1 AlphaDrug 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15324 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3=NOCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(C3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15325 Cc1ccc(C(=O)NO)cc1-c1ccc(N2CCN(S(=O)(=O)c3ccc4cc5c(cc4c3)CCCCO5)CC2C)cc1 AlphaDrug 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15326 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc3c(c2)C(O)CCO3)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15327 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(F)c(Cl)c2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15328 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c2n[nH]c(=O)n(-c3cnc(N)cc3Cl)c2=O)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15329 NC(=O)CN1CCC(Oc2ccc3ncn(C4CCCCC4)c3c2)CC1 AlphaDrug 6QUV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15330 CC1CN(S(=O)(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)CCN1C(=O)c1cc(-c2ccc(F)cc2F)nc(N)n1 AlphaDrug 6QUV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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