DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15526 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4c[nH]c(=O)c5ccccc45)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15527 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4c[nH]cn4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15528 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4ccccc4Cl)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15529 COc1cc(-c2ccc(C3C=CN(S(=O)(=O)c4ccc(C5CC5)s4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15530 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(C)cc4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15531 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)N4CCOCC4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15532 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4cccc(OC5CCCC5)c4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15533 COc1ccc(-c2cc(NS(=O)(=O)c3ccc(C4CC4)cc3)cc(F)c2C)cc1OC AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15534 CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2ccccc2C(=O)O)cc(Cl)c1O)c1ccccc1 AlphaDrug 5WEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15535 CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2cccc(O)c2)cc(Cl)c1O)S(=O)(=O)c1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5WEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15536 CC(C)(C)COC(=O)NCC(C)(C)c1ccc(C(C)(C)c2cnn(C(F)(F)F)c2C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5WEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15537 CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2cccc(O)c2)cc(Cl)c1O)S(=O)(=O)c1ccccc1Cl AlphaDrug 5WEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15538 CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2cccc(O)c2)cc(Cl)c1O)S(=O)(=O)c1ccncc1 AlphaDrug 5WEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15539 CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2cccc(O)c2)cc(Cl)c1O)S(=O)(=O)C(NC1CCCCC1)C(=O)c1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5WEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15540 CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2cccc(O)c2O)cc(Cl)c1O)S(=O)(=O)c1cc2ccccc2cc1Cl AlphaDrug 5WEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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