DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15556 NC1CCC(C(=O)Nc2ccc(Nc3nc(NC4CCCCCC4)nc4ccccc34)cc2)CC1 AlphaDrug 5GJ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15557 NC1CCC(C(=O)NCCCc2nnc[nH]2)CC1 AlphaDrug 5GJ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15558 NC1CCC(C(=O)NCc2ccc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4ccccc4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 5GJ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15559 NC1CCC(C(=O)NCCOc2ccccc2-c2ccc(S(N)(=O)=O)cc2)CC1 AlphaDrug 5GJ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15560 Nc1ncnc(CCNC(=O)C2CCC(N)CC2)c1-c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 5GJ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15561 CC(C)(C)CNC(=O)CC(CNC(=O)C1CCC(N)CC1)S(N)(=O)=O AlphaDrug 5GJ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15562 NC1CCC(C(=O)NCc2nc3ccccc3n2CC(=O)O)CC1 AlphaDrug 5GJ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15563 NC1CCC(C(=O)NCCc2nnc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4ccccc4)c3)o2)CC1 AlphaDrug 5GJ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15564 Cc1ccc(C(CC2CCCCC2)NC(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1C(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 5V82 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15565 Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1C(=O)c1ccc(C2CCCCC2)c(Cl)c1 AlphaDrug 5V82 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15566 Cc1cc(Cl)ccc1NC(=O)c1ccc(C)c(C(=O)c2ccc(Cl)cc2)c1 AlphaDrug 5V82 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15567 Cc1noc(C)c1C(=O)c1ccc(C(CC2CCCCC2)NC(=O)c2ccc(Cl)o2)s1 AlphaDrug 5V82 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15568 Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1C(CC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(N(C)C)cc1)C(F)(F)F AlphaDrug 5V82 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15569 Cc1ccc(C(=O)C2=C(NC(=O)c3ccc(N4CCCCC4)cc3)CCC2)cc1C AlphaDrug 5V82 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15570 Cc1ccc(C2COC(C(=O)c3ccc4ccccc4c3)C2)cc1 AlphaDrug 5V82 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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