DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15586 NC(=O)c1ccc(NC(=O)c2ccc(O)c(-c3ccc4ccccc4n3)c2)cc1 AlphaDrug 5IH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15587 Oc1ccc(-c2ccccc2)cc1-c1ccccc1 AlphaDrug 5IH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15588 Oc1ccc(-c2cc3ccccc3o2)cc1-c1ccccc1 AlphaDrug 5IH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15589 O=c1cc(OCc2cccc(Cl)c2)c2nc(N3CCC(O)C3)sc2o1 AlphaDrug 5IH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15590 O=C(Nc1ccc(Cl)cc1)c1ccc(-c2ccc(O)c(-c3ccccc3)c2)cc1 AlphaDrug 5IH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15591 O=C(NC1CCCCCC1)c1ccc(-c2ccc(O)c(-c3ccccc3)c2)cc1 AlphaDrug 5IH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15592 O=C(NC(c1ccccc1)c1ccc(-c2ccc(O)c(-c3ccccc3)c2)cc1)c1cnn(C2CC2)c1 AlphaDrug 5IH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15593 O=C(/N=N\C1CCCCCC1)c1ccc(-c2ccc(O)c(-c3ccccc3)c2)cc1 AlphaDrug 5IH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15594 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(C#N)cc(NCc3nc(-c4ccc(C(=O)O)cc4)ns3)n2)CC1 AlphaDrug 5N34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15595 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(-c4ccc(N5CCN(C)CC5)cc4C)cc3)cc(NCc3nnc(-c4ccccc4)o3)n2)CC1 AlphaDrug 5N34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15596 CCC(=O)N1CCC(NC(=O)c2cc(-c3ccc(F)cc3)cc(NC3CCCCCC3)n2)C1 AlphaDrug 5N34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15597 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(F)c4c3ccn4C)cc(NCc3nnc(-c4ccccc4)o3)n2)CC1 AlphaDrug 5N34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15598 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(C#N)cc(NCc3nnc(-c4cccc(S(C)(=O)=O)c4)s3)n2)CC1 AlphaDrug 5N34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15599 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(F)cc3)cc(NCc3nc(C)ns3)n2)CC1 AlphaDrug 5N34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15600 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(-c4ccc(C(=O)NO)cc4C)cc3)cc(NCc3nnc(-c4ccccc4)o3)n2)CC1 AlphaDrug 5N34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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