DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15616 Cc1cccc(-c2cc(Cc3ccccc3)cnc2C(=O)O)c1 AlphaDrug 5DQE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15617 Cc1cccc(-c2cc(Cc3ccccc3CNC(=O)c3cnccc3C(N)=O)cc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5DQE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15618 Cc1cccc(-c2cc(Cc3cccc(O)c3)cc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5DQE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15619 COc1ccc(-c2cc(C(=O)c3ccccc3C(=O)O)c3ccccc3n2)cc1 AlphaDrug 5DQE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15620 Cc1cccc(-c2cc(Cc3ccccc3CNC(=O)c3ccccc3)cc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5DQE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15621 Cc1cccc(-c2cc(Cc3ccccc3CNC(=O)c3cnccc3Cl)cc3c2c(C)cn3C)c1 AlphaDrug 5DQE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15622 COC(=O)c1cn(C)c2cc(Cc3ccccc3CNC(=O)c3ccccc3C)cc(-c3cccc(C)c3)c12 AlphaDrug 5DQE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15623 Cc1cccc(-c2cc(C)c3ccccc3c2C(=O)NCC(O)C(=O)C(C)(C)c2ccccc2)c1 AlphaDrug 5DQE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15624 COc1ccc(-c2cc(C(F)(F)F)nn3nc(-c4ccc(C(=O)O)cc4)cc23)cc1 AlphaDrug 6PHX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15625 COc1ccc(-c2cc(NC3CCC(O)C3)nn3nc(Cc4ccc(-c5cccc6ccccc56)cc4)nc23)cc1 AlphaDrug 6PHX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15626 COc1ccc(-c2cc(-c3cc(O)ccc3OC)cc3c(O)cccc23)cc1 AlphaDrug 6PHX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15627 COc1ccc(-c2[nH]c3c(C(=O)NC4CCCCC4)cccc3c2-c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 6PHX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15628 COc1ccc(Nc2nc(C(=O)O)nc(-c3cccc(NC(C)=O)c3)n2)cc1 AlphaDrug 6PHX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15629 COc1ccc(-c2cc(NC3CCC(O)C3)nn3nc(Cc4ccc(-c5cccc(Cl)c5)cc4)nc23)cc1 AlphaDrug 6PHX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15630 CC(=O)N1CCN(C(=O)c2ccc(Nc3nc(-c4ccnc(N)c4)nc4ccccc34)cc2)C(C)C1 AlphaDrug 6PHX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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