DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15661 CC(C)c1ccc(Cc2ccc(C(=O)Nc3cc(-c4ccccc4)cc(S(N)(=O)=O)c3)o2)cc1 AlphaDrug 4KEQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15662 CC(CNC(=O)c1cc2ccccc2o1)C(=O)Nc1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5EVB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15663 CNC(=O)C(C)CCC1CCCCC1C(=O)Nc1ccc(N2CCCC2)cc1 AlphaDrug 5EVB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15664 CC(=O)N1CCCC(Nc2nc(Cl)cc(-c3ccccc3)n2)C1 AlphaDrug 5EVB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15665 CNC(=O)Nc1cc(C(=O)NCCO)ccc1NS(=O)(=O)c1ccc(C)cc1 AlphaDrug 5EVB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15666 CC(=O)NC(=O)C1CCCN1c1ccc(C(=O)N2CCCC(CC(C)C)C2)cc1 AlphaDrug 5EVB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15667 CC(N)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(C)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(C)C(=O)NC(C)C(=O)NC(C)C(=O)NC(C(=O)O)C(C)C AlphaDrug 5EVB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15668 CC(C)CC1C(=O)N(c2ccc(C(=O)Nc3ccc(Cl)cc3)cc2)CC1O AlphaDrug 5EVB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15669 Cc1ccc(C(=O)Nc2cccc(C(=O)O)c2)cc1NC(=O)OC(C)(C)C AlphaDrug 5EVB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15670 CNC(=O)c1cc(C(=O)Nc2ccc(Cl)c(C(=O)NCCO)c2)[nH]n1 AlphaDrug 5EVB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15671 CC(C)CNc1cc(NC(=O)c2cccc(NC(=O)c3cccc(Cl)c3)c2)ccn1 AlphaDrug 5EPL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15672 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(-c3cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5EPL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15673 CC(C)CNc1cc(NC(=O)c2ccccc2)nc(Cc2ccccc2)n1 AlphaDrug 5EPL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15674 CC(C)CNc1cc(NC(=O)c2cccc(NC(=O)c3cccc(F)c3)c2)[nH]n1 AlphaDrug 5EPL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15675 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(-c3cccc(C4(N(C)C(=O)C5CC5)CC4)c3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5EPL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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