Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
15691	CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5CU4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15692	CNC1CC2OC(C)(C1O)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5CU4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15693	Cn1c(Nc2ccc(-c3nnn4ccccc34)cc2)nc(NC2CCC(C)(C)CC2)c1-c1ccc(Cl)cc1	AlphaDrug	5CU4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15694	CC(C)Nc1nc(Nc2cc(Cl)c(C(=O)N3CCC(NC(=O)c4ccc(C#N)cc4)CC3)cc2Cl)nn1C	AlphaDrug	5CU4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15695	CNC1CC2OC(C)(C1O)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5CU4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15696	CC(C)Oc1ccc2c(C(C)(C)C)cc(C(N)=O)cc2c1NC(=O)c1ccc(F)cc1	AlphaDrug	5CU4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15697	CNC1CC2OC(C)(C1O)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5CU4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15698	CNC(=O)c1ccc(Nc2nc(NC3CC3)c3ncc(Cl)n3n2)cc1	AlphaDrug	5CU4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15699	CNC1CC2OC(C)(C1O)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5CU4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15700	CC(C)(NC(=O)c1cc(-c2cccc(OCC3CCCCCC3)c2)cc(O)c1O)c1ccccc1	AlphaDrug	6H34	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15701	CC(C)(C)N(Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1nnc(-c2cccc(OC3CCN(S(C)(=O)=O)CC3)c2)s1	AlphaDrug	6H34	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15702	CC(C)(NC(=O)c1cc(-c2cccc3[nH]nnc23)cc(O)c1O)S(=O)(=O)C(F)(F)F	AlphaDrug	6H34	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15703	CC(C)(NC(=O)c1cc(-c2ccc(Cl)c(O)c2O)cc(O)c1O)S(=O)(=O)c1cccc(O)c1	AlphaDrug	6H34	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15704	CC(C)(NC(=O)c1cc(-c2cccc(O)c2O)cc(O)c1O)S(C)(=O)=O	AlphaDrug	6H34	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15705	CC(C)(NC(=O)c1cc(-c2ccccc2OCC2CCCCC2)cc(Cl)c1O)c1ccccc1	AlphaDrug	6H34	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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