Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
15976	CNC1CC2OC(C)(C1O)n1c3ccc(-c4ccccc4)cc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5H8E	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15977	CNC1CC2OC(C)(C1O)n1c3ccc(C(F)(F)F)cc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5H8E	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15978	CNC1CC2OC(C)(C1O)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5H8E	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15979	CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5H8E	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15980	CNC1CC2OC(C)(C1O)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccncc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5H8E	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15981	Cc1c(C(=O)NC(=O)O)c2cc(O)c(O)cc2n1C(=O)NCc1ccc(-c2ccc3ccccc3c2)cc1	AlphaDrug	5DUW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15982	Cc1c(Cl)cccc1NC(=O)c1cc(-c2ccc(Cl)cc2)nc(N2CCC(C3=CCN(S(C)(=O)=O)CC3)CC2)n1	AlphaDrug	5DUW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15983	Cc1c(C(=O)NC(=O)O)c2cc(Oc3ccc(Cl)cc3Cl)ccc2n1Cc1ccccc1	AlphaDrug	5DUW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15984	Cc1c(C(=O)NC(=O)O)c2cc(O)c(O)cc2n1C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NCC(=O)O	AlphaDrug	5DUW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15985	Cc1c(C(=O)NC(=O)O)c2cc(O)c(O)cc2n1C(=O)NCc1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	5DUW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15986	Cc1c(C(=O)NC(=O)O)c2cc(O)c(O)cc2n1C(=O)NC(=O)c1cccc(F)c1	AlphaDrug	5DUW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15987	Cc1c(C(=O)NC(=O)O)c2cc(O)c(O)cc2n1C(=O)NC(=O)c1ccc(OC(F)F)c(F)c1	AlphaDrug	5DUW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15988	Cc1c(C(=O)NC(=O)O)c2cc(O)c(O)cc2n1C(=O)NC(=O)N(CC(=O)NCC(=O)NC1C=CCCCC1)c1ccc(Cl)cc1	AlphaDrug	5DUW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15989	Cc1c(C(=O)NC(=O)O)c2cc(O)c(O)cc2n1C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O	AlphaDrug	5DUW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15990	Cc1c(C(=O)NC(=O)O)c2cc(O)c(O)cc2n1C(=O)NC(=O)c1ccc(Oc2ccccc2)c(Cl)c1	AlphaDrug	5DUW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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