Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
15961	O=C(O)c1cccc(O)c1C(=O)c1c(O)cc(S(=O)(=O)c2ccc(O)cc2-c2ccc(F)cc2)cc1O	AlphaDrug	6PID	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15962	Cc1cc(C(F)(F)F)nc2ccc(-c3c(C(F)(F)F)nc(-c4ccc(C(F)(F)F)cc4)n3C)cc12	AlphaDrug	5Y94	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15963	Cc1ccc(-c2cnc(C3CCN(C(=O)C4CCCC4)CC3)cc2-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1	AlphaDrug	5Y94	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15964	Cc1ccc(NC(=O)c2cc(C(F)(F)C(F)(F)F)nc(C3CCCC3)c2NC2CCCC2)cc1Cl	AlphaDrug	5Y94	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15965	Cc1ccc(-n2cnc(C(F)(F)C3C=CN(C(=O)NC4CC4)CC3)c2-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1	AlphaDrug	5Y94	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15966	Cc1ccc(Oc2cccc(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)c2)c2ccccc12	AlphaDrug	5Y94	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15967	CC(C)C(C)(C)C(=O)N1CCC(N2CCN(c3cc(C(F)(F)F)ccn3)CC2)CC1	AlphaDrug	5Y94	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15968	C=C(Nc1ccc(-c2ccc(C(C)(C)N3CCC(C(=O)O)CC3)cc2)cc1)c1ccc(C)cc1	AlphaDrug	5Y94	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15969	Cc1ccc(-c2cnc(C3CCN(C(=O)N4CCCC4)CC3)c(-c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)cc1	AlphaDrug	5Y94	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15970	Cc1cc(-c2ccc(OC(F)(F)F)cc2-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)on1	AlphaDrug	5Y94	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15971	Cc1ccc(OC(C)c2ccc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3C(F)(F)F)cc2)c2ccccc12	AlphaDrug	5Y94	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15972	CCC(O)C(O)CNC(=O)c1cc(OCCCCCCCN)c2nc(N)c(-c3cc(OC)cc(OC)c3)nc2n1	AlphaDrug	5H8E	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15973	CNC1CC2OC(C)(C1O)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5H8E	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15974	CNC1CC2OC(C)(C1O)n1c3ccc(C(=O)NCCO)cc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5H8E	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15975	CNC1CC2OC(C)(C1O)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6cccnc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5H8E	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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