DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18211 COc1ccc(C2(Nc3cc(NC(=O)Nc4ccc(N5CCN(C(C)C)CC5)cc4)c4ccccc4n3)CC2)cc1 AlphaDrug 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18212 COc1ccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)Nc4ccccc4Cc4c[nH]c5ccccc45)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18213 COc1ccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)Nc4cccc(-n5cnnc5CO)c4)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18214 COc1ccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)Nc4cccc(-c5ccc(F)cc5)c4)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18215 COc1ccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(N5CCCC5)cc4)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18216 COc1ccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)Nc4cccc(NS(C)(=O)=O)c4)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18217 COc1ccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C5=CCCCC5)cc4)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18218 COc1ccc(C2CCCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C5=CCCCC5)cc4)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 4D7O ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18219 COc1ccc(C2CCC(N3C=CN(C(=O)Cc4cccc5ccccc45)CC3)C2)cc1 AlphaDrug 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18220 COc1ccc(C2CCN(C(=O)C3CC4CN(CC4C(C)c4cccc(O)c4)C3O)CC2)cc1 AlphaDrug 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18221 COc1ccc(C2CN(C(=O)N3CCN(c4ccc(C5=CCN(C(=O)C6CC6)CC5)cc4)CC3)C2)cc1 AlphaDrug 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18222 COc1ccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)Nc4ccc(C5CC5)cc4)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18223 COc1ccc(C2CCC(N3CCN(C(=O)Cc4cccc(C5(c6cccc7ccccc67)CC5)c4)CC3)C2)cc1 AlphaDrug 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18224 COc1ccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)Nc4ccc(-c5ccc(F)cc5)cc4)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18225 COc1ccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)Nc4ccc(CCCCCO)cc4)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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