DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18271 Cc1ccc(Cc2ncnc3nc(-c4ccccc4)nc(N)c23)cc1 AlphaDrug 5HWU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18272 Cc1ccc(C(=O)N2CCCC(C3CCC(Nc4nc5ccc(Cl)cc5[nH]4)CC3)C2)cc1 AlphaDrug 5HWU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18273 CS(=O)(=O)N1CCCC(c2ccc(C3CCCCC3)cc2)CC1 AlphaDrug 5HWU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18274 Cc1ccc(-n2cnc(-c3ccc(C(=O)NCC4CCCCC4)s3)c2)cc1 AlphaDrug 5HWU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18275 Cc1ccc(-n2cnc(-c3ccc4nc(C(=O)N5CCCC5)ccc4c3)n2)cc1 AlphaDrug 5HWU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18276 Cc1ccc(-c2ccc3ccccc3c2)cc1S(=O)(=O)N1CCCCC1 AlphaDrug 5HWU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18277 Cc1ccc(-n2cnc(-c3ccc4ccccc4n3)n2)cc1 AlphaDrug 5HWU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18278 Cc1ccc(-n2cnc(-c3ccc4cc(C(=O)NC(C)c5ccccn5)ccc4c3)n2)cc1 AlphaDrug 5HWU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18279 Cc1ccc(-n2cnc(-c3cc4c(C)c(O)ccc4o3)n2)cc1 AlphaDrug 5HWU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18280 Cc1ccc(C(=O)N2CCCC2C(=O)Nc2ccc(C3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5HWU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18281 Cc1cc(NS(=O)(=O)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)ccc1-n1cc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)nn1 AlphaDrug 6BHV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18282 CC(C(=O)O)(c1cc(OCC2CC2)ccc1Cl)N1CCC(c2ccc(Cl)cc2)CC1 AlphaDrug 6BHV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18283 Cc1ccc(CN2CCN(c3cc(-c4ccc(C5CC5)cc4)ncn3)CC2)cc1 AlphaDrug 6BHV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18284 C/C1=C(\Cl)c2c(C(=O)O)c(-c3ccccc3)n(C3CCNCC3)c2C(=O)Nc2cc(OC(F)(F)F)ccc21 AlphaDrug 6BHV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18285 Cc1c(C2CC2)sc2nc(-c3ccc(-c4ccc(F)cc4)cc3)nc(N)c12 AlphaDrug 6BHV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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