DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18331 O=C(NC1Cc2ccc(O)cc21)c1ccccc1 AlphaDrug 4QXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18332 Cc1ccc(-c2nc(-c3ccc(F)c(OCc4cccc(-c5ccccn5)c4)c3)[nH]c2C(=O)O)cc1 AlphaDrug 4QXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18333 C1=CN(c2nccn2Cc2ccccc2)CCN1c1ccc2ccccc2n1 AlphaDrug 4QXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18334 c1ccc(Cc2cccc(N3CCN(c4ncccn4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 4QXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18335 NC(N)=NCCCCNC(=O)c1ccc2cc(Cc3ccc(F)cc3)ccc2c1 AlphaDrug 4QXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18336 CS(=O)(=O)NCc1cccc2ccc(Cc3ccccc3)cc12 AlphaDrug 4QXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18337 O=C(NC(Cc1ccccc1)C(=O)NCc1cccc2ccc(Cc3ccccc3)cc12)c1ccccc1 AlphaDrug 4QXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18338 O=C(Nc1ncccc1Cc1ccccc1)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 4QXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18339 CN(C)CCc1cccc2ccc(Cc3ccccc3)cc12 AlphaDrug 4QXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18340 O=C(NC(CCCNc1ccccc1)c1nccc2ccccc12)C1C=Cc2ccccc21 AlphaDrug 4QXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18341 Cc1cc(Nc2nccc(-c3cnn4cc(-c5cnn(C)c5)cnc34)n2)cc(OC(F)(F)F)c1O AlphaDrug 5TWJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18342 Cc1cc(Nc2ncc(F)c(-c3c[nH]c4ncccc34)n2)cc(-c2ccnc3[nH]c(-c4ccc(C(=O)O)cc4)cc23)c1 AlphaDrug 5TWJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18343 Cc1cc(Nc2ncc(F)c(-c3cnn4cc(-c5ccc(CN6C=CN(C(=O)OC(C)(C)C)CC6)cc5)ccc34)n2)nn1C AlphaDrug 5TWJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18344 Cc1cc(Nc2ncc(F)c(-c3cnc(N)c(-c4ccc(F)cc4)n3)n2)cc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5TWJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18345 Cc1cc(Nc2ncc(F)c(-c3cnn4cc(-c5ccc(F)cc5)cnc34)n2)cc(N2CCN(C(=O)NC3CCCC(C#N)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 5TWJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

18331 to 18345 of 73725 items. Total 4915 pages.