DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18361 O=C(NC(CC1CCCCC1)C(=O)O)c1ccc2c(ccn2Cc2ccc(-c3ccccc3)cc2)c1 AlphaDrug 5JOX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18362 O=C(O)C(CC1CCCC1)NCCc1c[nH]c2ccc(-c3ccc4nc(Cc5ccccc5)oc4c3)cc12 AlphaDrug 5JOX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18363 O=C(NC(CC1CCCCC1)C(=O)O)c1ccc2c(c1)ncn2Cc1ccc(OCc2cnccn2)cc1 AlphaDrug 5JOX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18364 O=C(O)C(c1ccc(-c2ccc3nc(Cc4ccccc4)ncc3c2)cc1)C1CCC1 AlphaDrug 5JOX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18365 O=C(NC(CC1CCCCC1)C(=O)O)c1ccc2c(c1)CCCC2 AlphaDrug 5JOX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18366 O=C(NC(CC1CCCCC1)C(=O)O)c1ccc2nc(-c3ccc4nc(Cc5ccccc5)[nH]c4c3)sc2c1 AlphaDrug 5JOX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18367 O=C(NC(CC1CCCCC1)C(=O)O)c1ccc2c(c1)cc(F)n2Cc1ccc(-c2cccnc2)cc1 AlphaDrug 5JOX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18368 O=C(NC(CC1CCCCC1)C(=O)O)c1ccc2c(c1)CCCCC2 AlphaDrug 5JOX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18369 O=C(O)C(CC1CCCCC1)NC(c1ccc(-c2cccnc2)cc1)c1ccc(N2CCOCC2)cc1 AlphaDrug 5JOX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18370 O=C(NC(CC1CCCCC1)C(=O)O)c1ccc2c(c1)ncn2Cc1ccc(F)cc1 AlphaDrug 5JOX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18371 Nc1ccc(C(=O)N(Cc2ccc(Cl)cc2)C2CCC(O)C2)cc1NS(=O)(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 5OUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18372 Cc1c(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccccc3)c2)ccc(NC(=O)c2ccc(F)cc2)c1C(=O)NC1CCC(O)C1 AlphaDrug 5OUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18373 O=C(NC1CCN(C2CCC(O)C2)C1)c1ccc(-c2cnn(-c3cccc(Cl)c3)c2)cc1 AlphaDrug 5OUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18374 Nc1nc2ccc(-c3ccnc(NC4CC4)c3)cc2cc1C(=O)NC1CCCN(C2CCC(O)C2)C1 AlphaDrug 5OUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18375 O=C(NC1CCCN(C2CCC(O)C2)C1)c1cc2cc(NS(=O)(=O)c3ccc(Cl)cc3)ccc2[nH]1 AlphaDrug 5OUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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