DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18406 COc1cc(N2CCCC2C(=O)NCCO)ccc1Nc1nc(C(F)(F)F)cc2cnccc12 AlphaDrug 6BS3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18407 CCNC(=O)c1ccc(CC)nc1C(=O)Nc1ccc(OC)c(-c2ccc(CCC3CCNCC3)cc2)c1 AlphaDrug 6BS3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18408 CC1CN(c2cc(C(=O)NC(C)(C)C)nc(-c3ccc(OC4CCN(C5CCCC5)CC4)cc3)n2)CCO1 AlphaDrug 6BS3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18409 CC1(C)C(=O)Nc2nc(Nc3cc(O)c(F)c(OC(F)(F)F)c3)ncc21 AlphaDrug 6BS3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18410 COc1ccc(C(=O)N2CCC(NC(=O)N3CCC4(CC3)CCN(C(=O)N3CCCCC3)CC4)CC2)cc1 AlphaDrug 5MY8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18411 COc1ccc(NC(=O)C(Cc2ccccc2)NC(=O)C(Cc2ccccc2)NC(=O)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5MY8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18412 COc1ccc(-c2ccc(-c3cccc(OC(C(N)=O)C(F)(F)C(F)F)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5MY8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18413 COc1ccc(-c2ccc(-c3cccc(CN4CCCC4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5MY8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18414 COc1ccc(-c2ccc(-c3cccc(OCc4cccc(OC(F)F)c4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5MY8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18415 COc1ccc(-c2ccc(-c3cccc(OC(C(=O)NCC(=N)N)C4CC4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5MY8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18416 COc1ccc(-c2ccc(-c3cccc(OC(C(=O)N4CCN(c5ncc(C(F)(F)F)cn5)CC4)C(F)(F)F)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5MY8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18417 COc1ccc(-c2ccc(C3=C/C(C(=O)N4CCN(c5ncnc(C)n5)CC4)O/C(c4ccccc4)=C/C=C\3)cc2)cc1 AlphaDrug 5MY8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18418 COc1ccc(-c2ccc(-c3cccc(OC(C(F)F)C(F)(F)F)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5MY8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18419 COc1ccc(-c2cnn(CC(=O)N3CCC(NC(C)(C)C)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 5MY8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18420 Cc1ccc(C(=O)NC2CCCCCC2)cc1-n1ccc2cnc3ccccc3c21 AlphaDrug 4ZZX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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