Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
18346	Cc1cc(Nc2ncc(F)c(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4ccccc4)c3)n2)cc(N2CCN(C(=O)NC3CCCCC3)CC2)c1	AlphaDrug	5TWJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18347	Cc1cc(Nc2ncc(F)c(-c3cnn4cc(-c5ccc(F)cc5)cnc34)n2)cc(N2CCN(C(=O)NC3CCCCC3)CC2)c1	AlphaDrug	5TWJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18348	Cc1ccc(Nc2ncc(F)c(-c3cnn4cc(-c5cnn(C)c5)cnc34)n2)cc1C	AlphaDrug	5TWJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18349	Cc1cc(Nc2ncc(F)c(-c3cnn4cc(-c5ccc(F)cc5)cnc34)n2)cc(N2CCN(C(=O)NC3CCCCC3)CC2)c1	AlphaDrug	5TWJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18350	Cc1cc(Nc2ncnc3cc(-c4cccc(NS(=O)(=O)c5ccccc5)c4)ccc23)no1	AlphaDrug	5TWJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18351	Cc1nc2c(F)cc(-c3nc(Nc4ccc5c(c4)CCNC5)ncc3F)cc2n1C(C)C	AlphaDrug	4RJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18352	CC(=O)N1CCC(N2CCc3nc(Nc4ncc(F)c(-c5cc(F)c6nc(C)n(C(C)C)c6c5)n4)ccc3C2)CC1	AlphaDrug	4RJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18353	Cc1nc2c(CC(C)C)nc(NC(=O)c3ccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cn3)nc2n1C(C)C	AlphaDrug	4RJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18354	CC(C)CC(=O)N1CCN(c2ccnc(Nc3ccc(N4CCN(C)CC4)cc3)n2)CC1	AlphaDrug	4RJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18355	Cc1cnc(NC(=O)NC2CCCN(c3ccc(C(=O)NC(C)C)cc3)C2)cc1-c1cnn(C(C)(C)C)c1	AlphaDrug	4RJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18356	Cc1nc2c(F)cc(CC(=O)NCc3cnc(C(F)(F)F)nc3-c3ccccn3)cc2c(=O)n1C(C)C	AlphaDrug	4RJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18357	Cc1nc2c(F)cc(-c3nc(Nc4ccc5c(n4)CCN(C4CCNCC4)C5)ncc3F)cc2n1C(C)C	AlphaDrug	4RJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18358	Cc1nc2c(F)cc(-c3nc(Nc4ccc5c(n4)CCN(C4C=CNCC4)C5)ncc3C(N)=O)cc2n1C(C)C	AlphaDrug	4RJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18359	Cc1nc2c(F)cc(-c3nc(Nc4ccc5c(n4)CCN(C(=O)CC(C)N)C5)ncc3F)cc2n1C(C)C	AlphaDrug	4RJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18360	Cc1nc2c(F)cc(-c3nc(Nc4ccc5c(n4)CCN(C4CCC(=O)N4)C5)ncc3F)cc2n1C(C)C	AlphaDrug	4RJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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