DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18301 Cc1cc(-c2ccnc(NC(=O)c3ccc4c(cnn4-c4ccccc4)c3)c2)ccn1 AlphaDrug 5FHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18302 Cc1cc(-c2ccnc(NC(=O)c3ccc(Oc4ccnc(N)c4)cc3)c2)ccn1 AlphaDrug 5FHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18303 Cc1cc(-c2ccnc(NC(=O)NC3CCN(c4ccc(Cl)cc4)C3)c2)ccn1 AlphaDrug 5FHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18304 Cc1cc(-c2ccncc2NC(=O)c2ccc(OCC3CCN(C(=O)OC(C)(C)C)CC3)cc2)ccn1 AlphaDrug 5FHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18305 Cc1cc(-c2cc(C3CC3)c3cncc(-c4ccc(C5(C(=O)O)CCNCC5)cc4)c3n2)ccn1 AlphaDrug 5FHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18306 CNc1nc(C)cc(C(=O)Nc2cc(-c3ccnc(C)c3)ccn2)c1C AlphaDrug 5FHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18307 Cc1cc(C)c2cc(C(=O)Nc3cccc(Cc4ccc5ccnc(N)c5c4)c3)[nH]c2c1 AlphaDrug 5FHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18308 Cc1cc(-c2ccnc(NC(=O)c3ccc(C)c(N4CCOCC4)c3)c2)ccn1 AlphaDrug 5FHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18309 Cc1cc(-c2ccnc(Nc3ccc(N4CCNCC4)cc3)n2)ccn1 AlphaDrug 5FHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18310 Cc1cc(-c2ccnc(NC(=O)c3ccc(C(C)(C)C)nc3)n2)ccn1 AlphaDrug 5FHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18311 Cc1c(NCc2ccc(-c3ccccc3)cc2)ncc(C(=O)O)c1-c1ccnc(NC2CCC(N(C)C)CC2)c1 AlphaDrug 5F1H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18312 CNC(=O)C1CCC(CSc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccc(N5CCN(C(C)C)CC5)cc4)c3C)cc2)c2ccccc21 AlphaDrug 5F1H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18313 Cc1c(N)cc(NC2CCc3ccc(OC(F)(F)F)cc3C2)cc1NC(=O)c1ccc(CN(C)C)cc1 AlphaDrug 5F1H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18314 CN(C)Cc1ccc(C(=O)Nc2cccc(C(N)=O)c2)cc1 AlphaDrug 5F1H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18315 CC(C1CC1)N1CCN(c2ccc(C(=O)Nc3cccc(C(=O)Nc4cnc(C(F)(F)F)c(CN(C)C)c4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 5F1H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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