DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18286 Cc1cc2c(C(=O)Nc3cc(C(=O)O)ccc3C)cccc2[nH]1 AlphaDrug 6BHV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18287 Cc1c(NS(=O)(=O)c2ccc(C#N)cc2)ncnc1-c1ccc(C2CCN(C(=O)OC(=O)CN(C)C)CC2)cc1 AlphaDrug 6BHV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18288 Cc1cc(Cl)cc(NC(=O)c2ccc(N3CCC(N4CCCCC4=O)CC3)cc2)c1 AlphaDrug 6BHV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18289 COc1ccc(-n2cc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2-c2cnc(C)o2)cc1 AlphaDrug 6BHV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18290 Cc1c(N)oc2ccc(-c3cc4c(OC5CC5)cccc4[nH]3)cc12 AlphaDrug 6BHV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18291 COc1ccc2[nH]c(C(=O)NC3CCCC(CNC(=O)c4cccc(Cl)c4)C3)cc2c1 AlphaDrug 6NP3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18292 COc1ccc2nc(C(=O)NC3CCC(/C=N/C(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)C3)[nH]c2c1 AlphaDrug 6NP3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18293 COc1ccc2[nH]c(C(=O)NC3CC(CNC(=O)c4ccccc4)CCC3O)cc2c1 AlphaDrug 6NP3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18294 COc1ccc2[nH]c(C(=O)NC3CC(CNC(=O)c4cccc(-c5nnnn5CCCCc5ccccc5)c4)C3)cc2c1 AlphaDrug 6NP3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18295 COc1ccc2[nH]c(C(=O)NC3CCCC(CNC(=O)c4cccc(C)c4)C3)cc2c1 AlphaDrug 6NP3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18296 COc1ccc2[nH]c(C(=O)NC3CCC(CNCCc4ccccc4)C3)cc2c1 AlphaDrug 6NP3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18297 COc1ccc2[nH]c(C(=O)NC3CCC(CNC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)C3)cc2c1 AlphaDrug 6NP3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18298 COc1ccc2nc(C(=O)NCCC3CCCCC3)[nH]c2c1 AlphaDrug 6NP3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18299 COc1ccc2[nH]c(C(=O)NC3CCC(CNS(=O)(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)C3)cc2c1 AlphaDrug 6NP3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18300 COc1ccc2[nH]c(C(=O)NC3CC(CNC(=O)c4cccc(F)c4)CCC3C)cc2c1 AlphaDrug 6NP3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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