DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18256 CC1(NC(=O)c2ccn(-c3ccc(F)c(Cl)c3)c2)CCN(S(=O)(=O)c2cc(-c3cc(C(F)(F)F)ccc3C(F)(F)F)ccc2Cl)CC1 AlphaDrug 4MRG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18257 CC(/C=N/C(=O)c1cc(-c2ccnc(-c3cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c3)n2)nc(C(F)(F)F)c1)c1ccc2cccc(Cl)c2c1 AlphaDrug 4MRG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18258 Cc1cc(S(=O)(=O)N2CCC(C)(C(N)=O)CC2)ccc1-c1ccc(C(=O)NCC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 4MRG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18259 CC1(C(=O)O)CCN(S(=O)(=O)c2cc(-c3cc(Cl)cc(C(F)(F)F)c3)ccc2F)CC1 AlphaDrug 4MRG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18260 Cc1nc(-c2nnccc2C(=O)NC2(C)CCN(S(=O)(=O)c3cc(-c4cc(C(F)(F)F)ccc4C(F)(F)F)ccc3Cl)CC2)ccc1C(=O)O AlphaDrug 4MRG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18261 COc1ccc(CN2CCN(C(=O)c3cccc4ccccc34)CC2)cc1C(=O)O AlphaDrug 5J2X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18262 COc1ccc(CN2CCN(C(=O)c3ccc(C(=O)O)cc3)CC2)cc1C(F)(F)F AlphaDrug 5J2X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18263 COc1ccc(CN2C=CN(C(=O)CO)CC2)cc1NS(=O)(=O)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5J2X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18264 COc1ccc(CN2C=CN(C(=O)c3ccc(C(=O)N4CCCCC4)cc3)CC2)cc1C AlphaDrug 5J2X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18265 COc1ccc(CN2CCC(c3ccc(C(=O)O)cc3)CC2)cc1C(F)(F)F AlphaDrug 5J2X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18266 COc1ccc(CN2CCN(C(=O)c3cc(Oc4ccccc4C(F)(F)F)ccc3O)CC2)cc1OC AlphaDrug 5J2X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18267 NC(=O)c1cc(N2CC=CC(C(=O)O)CC2)nc(Nc2ccc(S(=O)(=O)c3ccccc3)cc2)n1 AlphaDrug 5J2X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18268 COc1cc2ccc(C(=O)O)cc2cc1C(=O)N1CCN(Cc2ccc(OC)c(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 5J2X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18269 COc1ccc(Oc2cc(C(F)(F)F)ccc2C(=O)O)cc1C(=O)O AlphaDrug 5J2X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18270 COc1ccc(Nc2c(F)ccc3ccccc23)cc1C(=O)O AlphaDrug 5J2X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

18256 to 18270 of 73725 items. Total 4915 pages.