DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18421 Cc1ccc(-n2ncc3cnc4ccc(-c5ccnc(NCc6ccccc6)c5)cc4c32)cc1 AlphaDrug 4ZZX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18422 Cc1ccc(-n2ncc3cnc4ccc(-c5ccnc(NCc6ccccc6)c5)cc4c32)cc1 AlphaDrug 4ZZX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18423 Cc1ccc(-n2ncc3cc(-c4ccnc(NCc5ccccc5)n4)ccc32)cc1 AlphaDrug 4ZZX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18424 CN(C(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1)/C(CCCCCCCCCCCNC(=O)NC1CCCC(C)(C)C1)=N\O AlphaDrug 4ZZX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18425 Cc1ccc(-n2ncc3cnc4ccc(-c5csc(N)n5)cc4c32)cc1 AlphaDrug 4ZZX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18426 Cc1ccc(-n2ncc3cnc4ccc(-c5cnn(-c6cccc(N7CCNCC7)c6)c5)cc4c32)cc1 AlphaDrug 4ZZX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18427 Cc1ccc(-n2ncc3cnc4ccc(-c5ccnc(NCc6cnccn6)c5)cc4c32)cc1 AlphaDrug 4ZZX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18428 Cc1ccc(-n2ncc3cnc4ccc(-c5cnn(-c6ccccn6)c5)cc4c32)cc1 AlphaDrug 4ZZX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18429 Cc1ccc(-n2ncc3cnc4ccc(-c5cnn(-c6cccc(N7CCN(CC(=O)O)CC7)c6)c5)cc4c32)cc1 AlphaDrug 4ZZX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18430 O=C(Nc1ccc(Cl)cc1)N1CCC(N(Cc2ccc(F)cc2)S(=O)(=O)C2CCC(N3CCOCC3)C2)CC1 AlphaDrug 6C85 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18431 Cc1c(-c2ccc(CN(CCC(C)C)C(=O)C(=O)O)cc2)nnn1Cc1cccc(-c2ccccc2)c1 AlphaDrug 6C85 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18432 O=C1CC/C(Cl)=C\C=C(\c2ccc(OCc3ccccc3)cc2)CC2CCN1CC2 AlphaDrug 6C85 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18433 O=C(Nc1ccc(Cl)cc1)N1CCC(N(Cc2ccccc2)S(=O)(=O)c2ccc(-c3cccc(OC(F)(F)F)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 6C85 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18434 O=C(Nc1ccc(Cl)cc1)N1CCC(N(Cc2ccc(Cl)cc2)S(=O)(=O)C2CCN(C(=O)C3C=CCCC3)CC2)CC1 AlphaDrug 6C85 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18435 O=C(Nc1ccc(Cl)cc1)N1CCC(N(Cc2ccc(F)cc2)S(=O)(=O)c2ccc(N3CCOCC3)c(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 6C85 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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