DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18451 CC1(C)CC(c2ccccc2)C(=O)Nc2ccc(-c3ccnc(NC4CCN(C(N)=O)CC4)n3)cc21 AlphaDrug 5U6J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18452 CC1(C)CC(Nc2ccc(Cl)cc2)C(=O)Nc2ccc(-c3ccccc3)cc21 AlphaDrug 5U6J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18453 CC1(C)CC(C(=O)NC2CCCN2)C(=O)Nc2ccc(-c3ccnc(NC4CCN(C(=O)C5CCCCC5)CC4)n3)cc21 AlphaDrug 5U6J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18454 CC1(C)CC(C(C)(C)C)C(=O)Nc2ccc(-c3ccnc(Nc4cnc(N5CCOCC5)nc4)n3)cc21 AlphaDrug 5U6J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18455 Cn1c(=O)[nH]c2ncnc(N3CCCC(NC(=O)C4C(=O)OC(C)(C)C4=O)C3)c21 AlphaDrug 5U6J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18456 COc1ccc(Nc2nc(-c3ccc4c(c3)CCCO4)nc3ccncc23)cc1NC(=O)NC1CCc2ccccc21 AlphaDrug 5U6J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18457 CC1(C)CC(c2ccnc(NC3CC3)n2)C(=O)Nc2cc(-c3ccccc3)ccc21 AlphaDrug 5U6J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18458 CC1(C)CC(C(=O)O)C(=O)Nc2ccc(-c3cncnc3N3CCC(N4CCCC4)CC3)cc21 AlphaDrug 5U6J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18459 CC1(C)CC(c2ccc(Cl)cn2)C(=O)Nc2ccc(-c3ccnc(NC4CCN(C(N)=O)CC4)n3)cc21 AlphaDrug 5U6J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18460 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(C)c(-c2ccc3ccccc3c2)o1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18461 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(F)(F)C(F)F)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18462 Cc1ccc(O)c(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18463 COc1ccccc1CNC(=O)c1cc(C2CCCCC2)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18464 COc1ccccc1OCCNc1cc(OCC(O)CN)cc(Sc2ccccc2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18465 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(O)C(F)(F)F)cc(C2CC2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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