DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18496 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(O)C(C)(C)O)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18497 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(O)C(=O)O)cc2ccccc12 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18498 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(F)(F)F)cc(Oc2ccccc2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18499 O=C(Cc1ccccc1)Nc1cccc2cc(NS(=O)(=O)c3cccc(O)c3)ccc12 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18500 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(F)(F)C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4JA8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18501 COc1ccccc1OCCNc1cc(OCCC2CCCC2)cc(Sc2ccccc2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18502 COc1ccccc1OCCNc1cc(OCC(C)C)cc(Sc2ccccc2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18503 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(O)C2CCCC2)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18504 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(=O)O)cc(C2CCCCC2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18505 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(O)C(F)(F)F)cc2ccccc12 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18506 COc1ccccc1OCCNc1cc(OCC(=O)NO)cc(Sc2ccccc2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18507 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCCC2CCCC2)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18508 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(O)C(F)(F)C(F)(F)F)cc(C2CCCCC2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18509 Cc1cccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18510 O=S(=O)(Nc1cc(OCC2CCCC2)cc(S(=O)(=O)c2ccccc2)c1)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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