DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18526 COc1ccccc1OCCNc1cc(OCC(=O)O)cc(Sc2ccccc2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18527 Cc1cc(C)cc(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18528 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCCC(C)(C)O)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18529 COc1ccccc1OCCNc1cc(OCC(O)C(F)(F)F)cc(Sc2ccccc2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18530 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(O)C(F)(F)C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18531 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(O)C2CC2)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18532 COc1ccccc1OCCNc1cc(OCCC(=O)O)cc(Sc2ccccc2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18533 COc1ccccc1OCCNc1cc(Sc2ccccc2)c2ccccc2n1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18534 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(O)C(=O)O)cc(C2CCCC2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18535 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(O)C(F)(F)F)cc2c1ccn2CCC(C)(C)C AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18536 COc1cc(N/C(N)=N/c2ccccc2OC)cc(OCC(=O)Nc2ccccc2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18537 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(=O)O)cc(S(=O)(=O)c2ccccc2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18538 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCCC(O)C(=O)O)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18539 Cc1ccc(O)c(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CCCC3)c3nc(C)cnc3n2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18540 O=S(=O)(Nc1cc(CCC2CCCC2)cc(C(F)(F)F)c1)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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