DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18541 Cc1ccc(O)c(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CCCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18542 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(F)(F)F)cc(S(=O)(=O)c2ccccc2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18543 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(O)C(F)(F)F)cc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18544 Cc1ccc(O)c(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CCCC3)cc(S(=O)(=O)c3ccccc3)c2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18545 O=C(NC1CCCCCC1)c1cc(OCC2CCCCC2)cc(C2CCCCC2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18546 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(=O)O)cc2ccccc12 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18547 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(=O)O)cc2c(Cl)cccc12 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18548 COc1ccccc1/N=C(/N)Nc1cc(OCC(O)C2CCCCC2)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4JA8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18549 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(O)C(F)(F)C(F)(F)F)cc(OCC(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18550 COc1cc(N/C(C)=N/c2ccccc2OC)cc(S(=O)(=O)C2CCCCC2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18551 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCCC2CCCCC2)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18552 CC(NC(=O)c1ccc(Nc2nc3ccc(Cl)cc3[nH]2)cc1)N1CCN(C)CC1 AlphaDrug 5L4M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18553 Cc1ccc(N2CCN(C(=O)c3ccc(NC(=O)Nc4ccc(F)c(C(F)(F)F)c4)c4ccccc34)CC2)cc1 AlphaDrug 5L4M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18554 CN1CCN(c2cc(C(=O)CN3CCC(C(=O)OC(C)(C)C)CC3)cc(NCc3cncc(-c4nccs4)c3)c2OC(F)(F)F)CC1 AlphaDrug 5L4M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18555 Cc1c(NCc2nnc(-c3ccc(F)cc3)cc2C(F)(F)F)cc(C(=O)CO)cc1N1CCN(C)CC1 AlphaDrug 5L4M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

18541 to 18555 of 73725 items. Total 4915 pages.