DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18481 Cc1ccc(O)c(S(=O)(=O)Nc2cc(OCCC(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18482 Cc1ccc(O)c(S(=O)(=O)Nc2cc(OC3CCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18483 COc1cccc([SH](C)(=O)Nc2cc(OCC3CCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18484 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC2CCCC2)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18485 Cc1ccc(O)c(S(=O)(=O)Nc2cc(C3CCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18486 COc1ccccc1/N=C(/N)Nc1cc(OCC(C)(F)F)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4JA8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18487 COc1ccccc1/N=C(/N)Nc1cc(OCC(O)C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c1Cl AlphaDrug 4JA8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18488 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(O)C(F)(F)C(F)(F)F)cc(OC(F)F)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18489 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cccc(Oc2cccc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18490 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(C)C(=O)O)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18491 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(O)C(F)F)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18492 COc1ccccc1/N=C(\N)Nc1cc(OCC(O)C(=O)O)cc(S(=O)(=O)c2ccccc2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18493 COc1ccccc1N=C(N)Nc1cc(OCC2CCCCC2)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18494 COc1ccccc1/N=C/c1ccc(OCCC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18495 COc1ccccc1OCCNc1cc(OCC(N)=O)cc(Sc2ccccc2)c1 AlphaDrug 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

18481 to 18495 of 73725 items. Total 4915 pages.