Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
19891	CC(=O)N1CCC(Nc2cc(C(=O)O)ccc2C(=O)N2CCC(c3ccc(Cl)cc3)CC2)CC1	AlphaDrug	4MC2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19892	CC(=O)N1CCC(Nc2cc(C(=O)O)ccc2C(=O)N(O)Cc2ccccc2)CC1	AlphaDrug	4MC2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19893	CC(=O)N1CCCC(N(C)c2cc(-c3cccc(O)c3)ccc2O)C1	AlphaDrug	4MC2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19894	CC(C)CC1C(=O)N(c2cccc(Oc3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)CCN1C(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	6IOR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19895	CC(C)CC1C(=O)N(c2cccc(Oc3ccc(C(C)(C)C)cc3)c2)CCN1C(=O)CN(Cc1ccccc1)C(=O)c1ccccc1	AlphaDrug	6IOR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19896	CC(C)CC(NC(=O)c1cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c1)C(=O)NC1CC(C(=O)O)C(c2cccc3ccccc23)C1	AlphaDrug	6IOR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19897	CC(C)CC1C(=O)N(c2cccc(Oc3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)CCN1C(=O)c1cc2ccccc2o1	AlphaDrug	6IOR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19898	CC(C)CC1C(=O)N(c2cccc(Oc3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)CCN1C(=O)c1ccc(-c2ccccc2S(C)(=O)=O)cc1	AlphaDrug	6IOR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19899	Cc1cc(Cl)cc(C(=O)N2CCN(c3cccc(Oc4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)C(=O)C2CC(C)C)c1	AlphaDrug	6IOR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19900	CC(C)CC1C(=O)N(c2cccc(Oc3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)CCN1C(=O)c1ccc(-c2ccncc2)cc1	AlphaDrug	6IOR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19901	CC(C)CC1C(=O)N(c2cccc(Oc3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)CCN1C(=O)NC1CCN(c2ccc(C(=O)O)cc2)C1	AlphaDrug	6IOR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19902	CC(C)CC1C(=O)N(c2cccc(Oc3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)C=CN1C(=O)c1cc(C(C)(C)C)cc(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	6IOR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19903	CC(C)CC1C(=O)N(c2cccc(Oc3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)C=CN1C(=O)Nc1cc(C(=O)O)cc(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	6IOR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19904	COc1ccc(C(CC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)c2ccc(N3CCOCC3)cc2)cc1	AlphaDrug	4C5D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19905	COc1ccc(C(CC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)c2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc2)cc1	AlphaDrug	4C5D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

19891 to 19905 of 73725 items. Total 4915 pages.