DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
19906 COc1ccc(C(CC2CCN(C)CC2)C(=O)NCCCCc2c[nH]c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 4C5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19907 COc1ccc(C(CC2CCN(c3ncnc4ccccc34)CC2)C(=O)NCc2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 4C5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19908 COc1ccc(C(CC2CCN(C(=O)C3CCCN3)CC2)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 4C5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19909 COc1ccc(C(CC2CCN(C(=O)c3ccc(Cl)cc3)CC2)C(=O)NCCCCCCCCCCCNC(=O)OC(C)(C)C)cc1 AlphaDrug 4C5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19910 CC(NC(=O)c1ccc2c(c1)oc(=O)n2Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)C1CCC(NCc2ccccc2)CC1 AlphaDrug 4C5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19911 COc1ccc(C(CC2CCN(C(=O)c3ccccc3)CC2)C(=O)NCCCCCCCCCCNc2ccc(O)cc2)cc1 AlphaDrug 4C5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19912 COc1ccc(C(Cc2ccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)CC2CCN(CC(=O)O)CC2)cc1 AlphaDrug 4C5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19913 COc1ccc(C(CC2CCN(C(=O)C(C)C)CC2)NC(=O)NCc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 4C5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19914 COc1ccc(-c2ccc(NC(=O)c3cc4cc(C(N)=O)ccc4[nH]3)cc2)cc1 AlphaDrug 5M23 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19915 COc1ccc(N)c(-c2ccc(F)cc2C(=O)Nc2ccc(S(=O)(=O)c3ccc(-c4ccc(O)cc4)cc3)cc2)c1 AlphaDrug 5M23 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19916 COc1ccc(-c2ccc(NC(=O)c3ccc(O)cc3-c3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5M23 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19917 COc1ccc(-c2nc(C)cc(NC(=O)NCc3ccc(-c4nccs4)cc3)n2)cc1 AlphaDrug 5M23 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19918 COc1ccc(-c2ccc(NC(=O)N3CCN(c4cccc(-c5nccs5)c4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5M23 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19919 COc1ccc(-c2ccc(NC(=O)Cc3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5M23 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19920 COc1ccc(-c2ccc(NC(=O)c3ccc(F)cc3)c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 5M23 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

19906 to 19920 of 73725 items. Total 4915 pages.