DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20641 Cc1cccc(COc2nnc(-c3ccc(CN4CC(C(=O)O)C4)c(Cl)c3)[nH]2)c1 AlphaDrug 4XAR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20642 CC(=O)N1CCC(N(O)c2ccc(-c3cccc(Oc4cccc(OC(F)(F)F)c4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4MC9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20643 CC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3cccc(OCC4CCCCCC4)c3)ccc2C(=O)O)CC1 AlphaDrug 4MC9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20644 CC(=O)N1CCC(Nc2cc(C(=O)NCC(O)C(=O)O)ccc2C(=O)O)CC1 AlphaDrug 4MC9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20645 CC(=O)N1CCC(Nc2ccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 4MC9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20646 CC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3cccc(OCc4ccccc4OC(F)(F)F)c3)ccc2C(=O)O)CC1 AlphaDrug 4MC9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20647 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2cc(Cl)ccc2Cl)C1 AlphaDrug 4MC9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20648 CC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3cccc(OCc4cccc5cccnc45)c3)ccc2C(=O)O)CC1 AlphaDrug 4MC9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20649 CC(=O)N1CCC(Nc2cc(C(=O)O)ccc2-c2cccc(O)c2)CC1 AlphaDrug 4MC9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20650 CC(=O)N1CCC(Nc2cc(C(=O)O)ccc2C(=O)O)CC1 AlphaDrug 4MC9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20651 CC(=O)N1CCC(Nc2cc(C(=O)N3CCCC(C(=O)O)C3)ccc2C(=O)O)CC1 AlphaDrug 4MC9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20652 Cc1ccc(-c2ccccc2C(=O)c2cc(Cl)cc(N3CCCC(C(C)C)C3)c2)cc1 AlphaDrug 5UFF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20653 CC(C)C1CCCN(C(=O)c2cc3ccccc3cc2-c2cccc(C(F)(F)F)c2)C1 AlphaDrug 5UFF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20654 CC(C)C(=O)Nc1cc(-c2cncc(CO)c2)ccc1C(=O)O AlphaDrug 5UFF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20655 CC(C)C1CCCN(C(=O)c2cc3ccccc3n2Cc2ccc(F)c(Cl)c2)C1 AlphaDrug 5UFF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

20641 to 20655 of 73725 items. Total 4915 pages.