DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20626 Cc1cc(-c2ccc(CN(C)S(=O)(=O)NC3CCCCC3)cc2)n(Cc2ccc(C(=O)O)cc2)n1 AlphaDrug 6CJS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20627 Nc1noc(-c2ccc(-c3cc4cc(CN5CCCC5)ccc4n(CC4CCCCC4)c3=O)cc2)n1 AlphaDrug 6CJS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20628 Nc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc(NCc2ccc(-c3cccc(C(=O)O)c3)cc2)n1 AlphaDrug 6CJS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20629 Cc1ccc(-c2ccc(CN(C)C(c3ccc(F)cc3)(c3ccc(Cl)cc3)c3ccc(Cl)cc3)cc2)nc1C(=O)O AlphaDrug 6CJS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20630 Cc1cc(-c2ccc3c(c2)C(=O)N(CC2CCCCN2C)C3=O)c(-c2ccc(Cl)cc2)nc1NS(C)(=O)=O AlphaDrug 6CJS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20631 Cc1ccc(-c2ccc(CN(C)C(c3ccc(F)cc3)(c3ccc(F)cc3)c3ccc(OCCN(C)C)cc3)cc2)nc1C(=O)O AlphaDrug 6CJS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20632 Cc1cccc(COc2nnc(-c3ccc(CN4CCNCC4)cc3)[nH]2)c1 AlphaDrug 4XAR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20633 Cc1cccc(COc2nccc(-c3cccc(C(=O)O)c3)n2)c1-c1cccc2ccccc12 AlphaDrug 4XAR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20634 Cc1cccc(COc2nnc(-c3ccc(CN4CCC(N5CCCC5)CC4)cc3)[nH]2)c1C AlphaDrug 4XAR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20635 Cc1cccc(COc2nnc(-c3ccc(C(=O)NO)cc3)[nH]2)c1-c1cccc2ccccc12 AlphaDrug 4XAR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20636 Cc1cccc(COc2nnc(-c3ccc(CN4CCCC4)cc3)o2)c1C AlphaDrug 4XAR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20637 Cc1cccc(COc2nnc(-c3ccc(CN4CCCC4)cc3)[nH]2)c1-n1cnc2ccccc2c1=O AlphaDrug 4XAR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20638 Cc1cccc(COc2nnc(-c3ccc(CN4CCCCC4)cc3)[nH]2)c1C AlphaDrug 4XAR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20639 Cc1cccc(COc2nnc(-c3ccc(CN4CCNCC4)cc3)[nH]2)c1-c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 4XAR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20640 Cc1cccc(COc2nnc(-c3ccc(CN4CCC(NS(=O)(=O)c5ccccc5)C4)c(F)c3)[nH]2)c1 AlphaDrug 4XAR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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