Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
20566	COc1ccc(-c2cc3nc(C(=O)NCCOc4ccc(-c5cccnn5)cc4)[nH]c3cc2F)cc1	AlphaDrug	6IDB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20567	COc1ccc(-c2cc3c(cc2C(=O)NCCOc2ccc(-c4cccc(C(=O)O)c4)cc2)OCCC3)cc1	AlphaDrug	6IDB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20568	COc1ccc(-c2cc3nc(C(=O)NCCOc4ccc(-c5ccc6ccccc6c5)cc4)[nH]c3cc2F)cc1	AlphaDrug	6IDB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20569	COc1ccc(-c2cc3nc(C(=O)NCCOc4ccc(-c5ccccc5)cc4)[nH]c3cc2F)cc1	AlphaDrug	6IDB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20570	COc1ccc(-c2cc3nc(C(=O)NCCOc4ccc(-c5cc(Cl)cc6c5n(C)c(=O)n6C)cc4)[nH]c3cc2F)cc1	AlphaDrug	6IDB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20571	COc1ccc(-c2cc3nc(C(=O)NCCOc4ccc(-c5ncccn5)cc4)[nH]c3cc2F)cc1	AlphaDrug	6IDB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20572	COc1ccc(-c2cc3nc(C(=O)NCCOc4ccc(-c5ccc6c(c5)ncn6C(=O)O)cc4)[nH]c3cc2F)cc1	AlphaDrug	6IDB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20573	Cc1ccc(N2CCN(c3ccc(C(=O)N(c4ccc(Cl)cc4)C4CCC(C)C4)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	5HTL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20574	CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(-c2ccc(C3CCN(c4ccccn4)CC3)cc2)cc1)C(=O)Nc1ccccc1	AlphaDrug	5HTL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20575	CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(-c2ccc(C3CC3)cc2)cc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O	AlphaDrug	5HTL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20576	Cc1ncc(C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC2CCCCC2)cc1-c1ccc(C(F)(F)F)cc1	AlphaDrug	5HTL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20577	CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(-c2ccc(C3CCN(C(=O)c4ccc5c(N)ncnn45)CC3)cc2)cc1)c1ccc(Cl)cc1	AlphaDrug	5HTL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20578	CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(-c2ccc(C3CC(=O)N(c4ccccc4)C3)cc2)cc1)C(=O)O	AlphaDrug	5HTL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20579	CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(-c2ccc(C3CCN(C(=O)c4ccc5ccccc5c4)CC3)cc2)cc1)C(=O)O	AlphaDrug	5HTL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20580	CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(-c2ccc(CN3CCN(C4CC4)CC3)cc2)cc1)C(=O)O	AlphaDrug	5HTL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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