Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
20506	CC(=O)OC1C(C)CC(C)C(C(=O)NC(C)c2ccc(Cl)cc2)C(=O)OC1C	AlphaDrug	5J8U	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20507	CC(C)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(Cc1c[nH]c2ccccc12)C(=O)NC(C)C(=O)NCc1ccccc1	AlphaDrug	5J8U	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20508	CC(C)C(=O)OC1CC(C)C(C(=O)NC(C)C(=O)N(C)C)CN(Cc2ccc(-n3cnc4ccccc43)cc2)C1	AlphaDrug	5J8U	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20509	Cc1ccc(C2CCC(C(=O)NC(C)C(O)CNC(=O)C(C)CC(C)(C)C)CC(=O)NC2)cc1	AlphaDrug	5J8U	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20510	CC(Cc1ccc(O)cc1)C(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)N(C)C(=O)Cc1ccccc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O	AlphaDrug	5J8U	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20511	COc1ccc(CNC(=O)c2cc(C)ccc2NC(=O)CC2CCN(c3ccc(C)c(N)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	5J8U	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20512	CC(N)CCC(=O)N1CCCC1Cc1ccc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1	AlphaDrug	5J8U	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20513	NS(=O)(=O)c1ccc(N2CCN(S(=O)(=O)c3ccc4c(c3)CCCC4)CC2)cc1	AlphaDrug	6JDI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20514	NS(=O)(=O)c1ccc(OCC2CCN(C(=O)c3ccc4ccccc4c3)CC2)cc1	AlphaDrug	6JDI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20515	NS(=O)(=O)c1ccc(N(Cc2cccnc2)C(=O)c2ccc(N3CCC(c4ccc(C(F)(F)F)cc4)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	6JDI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20516	NS(=O)(=O)c1ccc(N2CCN(S(=O)(=O)c3ccc(-c4ccc5c(c4)CCC5)o3)CC2)cc1	AlphaDrug	6JDI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20517	NS(=O)(=O)c1ccc(N2CCN(S(=O)(=O)c3ccccn3)CC2)cc1	AlphaDrug	6JDI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20518	NS(=O)(=O)c1ccc(N2CCN(C(=O)Cc3ccc(C(F)(F)F)cc3)CC2)c2ccccc12	AlphaDrug	6JDI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20519	NS(=O)(=O)c1ccc(N2CCN(S(=O)(=O)c3ccc(-c4ccc5ccccc5c4)o3)CC2)cc1	AlphaDrug	6JDI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20520	NS(=O)(=O)NC1CC=CCC1C(=O)N1CCC(n2cc(F)c(-c3ccc(F)cc3)n2)CC1	AlphaDrug	6JDI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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