DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20491 CC(C)C(=O)Nc1nc2ccc(-c3cccc(Cl)c3)cc2n1Cc1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 4O05 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20492 CC(C)(C)CNC(=O)c1nc2ccc(-c3ccc(Cl)cc3)cc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 4O05 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20493 O=C(NC(Cc1ccccc1)c1cccc(NC(=O)C2(C(=O)O)CCCCC2)c1)c1cnccn1 AlphaDrug 5B2D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20494 O=C(NC(Cc1ccccc1)c1cccc(NC(=O)C2(C(=O)O)CC=CCC2)c1)c1ccc2c(c1)CCCC2 AlphaDrug 5B2D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20495 O=C(O)C1(C(=O)Nc2cccc(Oc3ccc(Cl)c(Cl)c3)c2)CCCCCC1 AlphaDrug 5B2D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20496 O=C(NC(Cc1ccccc1)c1cccc(NC(=O)C2(C(=O)O)CCCCC2)c1)c1ccc(N2CCN(C(=O)O)CC2)cc1 AlphaDrug 5B2D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20497 O=C(NCc1cccc(Cl)c1)NC1(C(=O)NC(C(=O)O)C2CCCC2)CCCCC1 AlphaDrug 5B2D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20498 O=C(CC(NC(=O)CCCCCCCNC(=O)NC1CCN(C(=O)C(=O)O)CC1)c1ccc(F)cc1)NCC1CCCCC1 AlphaDrug 5B2D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20499 Cn1nc(C(O)(C(=O)NC2CCCCC2)c2ccc(F)cc2)nc1C(=O)N1CCC(c2ccc(F)cc2)CC1 AlphaDrug 5B2D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20500 O=C(NC(Cc1ccccc1)c1cccc(NC(=O)C2(C(=O)O)CC=CCC2)c1)c1nc2ccccc2s1 AlphaDrug 5B2D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20501 O=C(NC(Cc1ccccc1)c1cccc(NC(=O)C2(C(=O)O)CCCCC2)c1)OCc1ccc(N2CCOCC2)cc1 AlphaDrug 5B2D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20502 O=C(O)C1(C(=O)NCCCCN2CCOCC2)CCN(Cc2ccc(F)c(F)c2)CC1 AlphaDrug 5B2D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20503 CC(Nc1nc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)nc2ccccc12)C(=O)O AlphaDrug 5J8U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20504 Cc1cc(C(F)(F)F)ncc1CC(C(=O)NC(C)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O AlphaDrug 5J8U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20505 CC(Nc1nnc(-c2ccc(F)c(F)c2)o1)C(Oc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1ccccc1 AlphaDrug 5J8U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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