Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
20431	CN1CCN(c2cc(Nc3cc(NC(=O)c4cccc5ccccc45)ncn3)c(C(=O)NCC(=O)O)cn2)CC1	AlphaDrug	6UDU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20432	Cc1cc2n(n1)/C(Nc1cc(C(=O)N3CCC(NC(C)(C)C)CC3)ccc1C(F)(F)F)=C\C(N1CCN(C)CC1)=C/C1CCC(NC(=O)N2)OC(C)(C)C1	AlphaDrug	6UDU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20433	CN1CCN(c2cc(Nc3cc(NC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4C(F)(F)F)ncc3C(=O)O)ccc2C(F)(F)F)CC1	AlphaDrug	6UDU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20434	CC(C)(CC1CCC(C)(C)c2ccc(-c3cc(O)ccc3O)cc2C(=O)N1)c1ccc(Cl)c(Cl)c1	AlphaDrug	5C8N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20435	CC(C)(CC1CCC(C)(C)c2ccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2C(=O)N1)c1ccc(Cl)cc1	AlphaDrug	5C8N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20436	CC1(C)CCC(CC(C)(C)c2ccc(Cl)c(Cl)c2)N(C(=O)NCCCCCCCCC(N)=O)C1	AlphaDrug	5C8N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20437	CC1(C)CCC(CC(C)(C)c2ccc(Cl)c(Nc3nc4cc(Cl)ccc4[nH]3)c2)C1	AlphaDrug	5C8N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20438	CC(C)(CC1CCC(C)(C)c2ccc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4cc(Cl)ccc4Cl)c3)cc2C(=O)N1)c1ccc(Cl)c(Cl)c1	AlphaDrug	5C8N	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20439	Cc1cc(-c2ccc(C(C)CC(=O)O)cc2)cn(C2CCCCC2)c1=O	AlphaDrug	5C8N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20440	CC(C)(CC1CCC(C)(C)c2ccc(-c3cccc4ccccc34)cc2C(=O)N1)c1ccc(Cl)c(Cl)c1	AlphaDrug	5C8N	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20441	CC1=C(NC2=CC(NC(=O)c3cc(C(F)(F)F)ccc3Cl)CCCC2)C(C)(C)C1	AlphaDrug	5C8N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20442	CC1(C)CCC(CN(Cc2ccc(C(F)(F)F)cc2)C(=O)NCC(=O)O)CC(C)(C)c2ccc(C(=O)O)cc21	AlphaDrug	5C8N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20443	CC(C)(CC1CCC(C)(C)c2cc(Cl)c(Cl)cc2C(=O)N1)c1ccc(Cl)c(F)c1	AlphaDrug	5C8N	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20444	CC(C(=O)N1CCCC(NC(=O)c2cc3cc(Cl)ccc3[nH]2)C1)c1ccccc1	AlphaDrug	4KXN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20445	CC(C)C(NC(=O)c1ccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)cc1)c1cccc(-c2cccc(-c3nnn[nH]3)c2)c1	AlphaDrug	4KXN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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