Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
20386	COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(F)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20387	COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(N4CCCC(CC(C)(C)CC(C)(C)C)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20388	COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3ccc(C(F)(F)F)c(C(C)(C)C)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20389	COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(N4CCC(C(O)CC(=O)O)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20390	COc1cccc(-c2cc(C(=O)NC3CCCCC3N3CCC(C(=O)O)CC3)cc(C(F)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20391	COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(C(C)(C)C)cc(NS(C)(=O)=O)c3C)cc(C(F)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20392	COCCN1CCN(c2cc(NC(=O)c3cc(-c4cccc(OC)c4)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20393	COc1cccc(-c2cc(C(=O)NCCc3c[nH]c4ccccc34)cc(C(F)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20394	COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(C(=O)O)ccc3CCC(=O)O)cc(C(F)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20395	COc1ccc(S(=O)(=O)NC(C(=O)NC2C=CC(c3ccc(F)cc3C)CC2)C2CCC(N3CCC(N4CCOCC4)CC3)CC2)cc1	AlphaDrug	5BUR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20396	COc1cccc(-c2cc(C(=O)NC3CCCC(C)(C)C3)cc(NS(C)(=O)=O)c2CC2CCCCC2)c1	AlphaDrug	5BUR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20397	COc1cccc(OCC(=O)Nc2cc(-c3ncnc(-c4ccc(C(F)(F)F)cc4)n3)nc(-c3ccc(F)c(F)c3)n2)c1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20398	COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(N4CCN(CC(F)C(F)(F)CC(F)(F)F)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20399	COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(N4CCC(CC(O)CC(C)(C)CC(=O)O)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20400	COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(N4CCCCNCC4)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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