DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20341 COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(N4CCN(C(=O)O)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20342 COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(C(=O)O)ccc3Cc3ccccc3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20343 COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3nc(C4CCCCC4)cs3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20344 COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cccc(C(N)=O)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20345 COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(C(=O)O)cc(Cl)c3C(N)=O)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20346 COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(N4CCN(CCC(F)(F)CC(C)(C)C)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20347 COc1cccc(-c2cc(C(C)(C)C)cc([SH](=O)(CC3CC3)NS(=O)(=O)c3ccc(C4CC4)cc3)c2)c1 AlphaDrug 5BUR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20348 COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(N4CCC(C(=O)NC5CCCCC5)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20349 COc1cccc(-c2cc(C(N)=O)cc(C(C)(C)C(=O)NNC3CCCCC3)c2)c1 AlphaDrug 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20350 COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(N4CCC(C(C)(O)CC(=O)O)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20351 COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(N4CCC(O)(C(C)(C)C)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20352 COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3ccc(CN4CCC(C(=O)O)CC4)cc3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20353 COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(C(=O)O)ccc3C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20354 COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(N4CCC(CCC(C)(C)CC(C)(C)C)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20355 COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(C(=O)O)ccc3CCCC(=O)O)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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