Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
20371	COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(N4CCN(C5CCCC5)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20372	COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(C4CCCCC4)ncn3)cc(C(F)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20373	COc1cccc(-c2ccnc(C3(NC(=O)Nc4ccc(C(F)(F)F)cc4)C=CCCC3)c2)c1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20374	COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(C(F)(F)F)ccc3C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20375	COc1ccc(S(=O)(=O)NC(CC2CCC(Nc3cc(-c4ccc(F)cc4)ccn3)CC2)C2CCCCCC2)cc1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20376	COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(N4CCCNCC4)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20377	COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(N4CCN(C5CCOC5)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20378	COc1ccc(S(=O)(=O)NC(CC2CCC(Nc3ccc(-c4cccc(F)c4)cc3)CC2)C(=O)NO)cc1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20379	COc1ccc(S(=O)(=O)NC(C(=O)NC2CCCC(C(=O)O)C2)C2CCC(NC3CCC(N4CCOCC4)CC3)C2)cc1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20380	COc1cccc(-c2cc(-c3ccc(F)c(F)c3)cc(C(C)(C)C(=O)NOCC(O)CO)c2)c1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20381	COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(C(=O)O)ccc3CCCCC(=O)O)cc(C(F)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20382	COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(N4CCC(C(C)(C)C)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20383	COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(C(=O)O)cc(C(=O)O)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20384	COc1cccc(-c2cc(N=C(N)N)cc(-c3cccc(C(=O)O)c3)c2)c1	AlphaDrug	5BUR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20385	COc1cccc(-c2cc(C(=O)NC3CCCC(C(=O)O)CC3)cc([SH](=O)(CC3CC3)C(F)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	5BUR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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