DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20311 CCN1CCC(c2ccnc(Nc3nc(NC4CCCCC4)ncc3C(N)=O)n2)CC1 AlphaDrug 3WMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20312 CC1(C)CN(c2ccc(Nc3nc(NC4CCOCC4)ncc3C(N)=O)cc2)CCN1 AlphaDrug 3WMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20313 CC1(C)CCN(c2ccc(Nc3nc(NC4CCOCC4)ncc3C(N)=O)cc2)CCN1 AlphaDrug 3WMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20314 CCN1C=CN(CC2=CC=C(c3ccccc3)Nc3nc(NCc4ccccc4)ccc32)CC1 AlphaDrug 3WMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20315 COc1ccccc1CN1CCN(c2c(C)[nH]c3ccc(F)cc23)CC1 AlphaDrug 3WMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20316 CCN1CCN(C(=O)C(N)=O)Cc2ccc(Nc3ncc(Cl)c(Nc4ccccc4)n3)cc2C1 AlphaDrug 3WMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20317 CCN1C=CC(Nc2ccc(Nc3nc(NC4CCCCC4)ncc3C(N)=O)cc2)CC1 AlphaDrug 3WMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20318 CCN1CCN(C(C)(C)C)CC2=c3\nnn(-c4ccc(C(F)(F)F)cc4)\c3=N\c3cnc(nc3NC(C)=O)NC(=C/c3cnccc31)/C=C\2 AlphaDrug 3WMC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20319 CCN1CCN(C(=O)O)Cc2ccc(Nc3nc(-c4cnn(C)c4)nc4cc(N)ncc34)cc2C1 AlphaDrug 3WMC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20320 CN1CCN(c2ccnc(Nc3cc(-c4ccnc(N)n4)ccn3)c2)CC1 AlphaDrug 3WMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20321 CC(C)N1CCC(Nc2nc(-c3ncnc4ccn(C)c34)cc3cnc(NC(C)(C)C)nc23)CC1 AlphaDrug 5NKI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20322 CC(C)n1cnc(C(=O)Nc2ccc(N3CCNC(C)(C)CC3)cc2)c1 AlphaDrug 5NKI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20323 Cc1c(-c2cnc3c(C(C)C)nn(Cc4ccccc4)c3n2)nnn1CCc1ccccc1 AlphaDrug 5NKI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20324 Cc1c(-c2ccc3nnc(C(C)C)n3c2)nnn1Cc1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5NKI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20325 CC(C)c1nn(Cc2c[nH]c3ccc(C(N)=O)cc23)c2ccccc12 AlphaDrug 5NKI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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