DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20251 Cc1ccc(-c2cccc(NCCc3c[nH]c4ccccc34)c2)cc1OCc1ccc(OC(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 4CK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20252 Cc1ccc(-c2ccc(C)c(NC(=O)Nc3nc(-c4ccc(O)c(F)c4)nc4ccccc34)c2)cc1 AlphaDrug 4CK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20253 Cc1ccc(-c2ccc(C)c(OC3CCN(C(=O)C4CCC(C(C)C)CC4)CC3)n2)cc1OCc1ccc(OC(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 4CK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20254 Cc1ccc(-c2nnn[nH]2)cc1OCc1ccc(O)c2cc(O)ccc12 AlphaDrug 4CK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20255 Cc1ccc(-c2ccc(Cl)c(Cl)c2)cc1OCc1cccc2cnn(C)c12 AlphaDrug 4CK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20256 Cc1ccc(-c2ccc(Cl)c(Cl)c2)cc1OCc1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4CK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20257 Cc1ccc(-c2ccc(C)c(OC3CCN(C(=O)C4CC4)CC3)c2)cc1OCc1ccc(OC(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 4CK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20258 Cc1ccc(C(=O)O)cc1OCc1ccc(OCc2c(F)cccc2Cl)cc1 AlphaDrug 4CK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20259 Cc1ccc(-c2ccc(C)c(OC3CCN(C(=O)c4cccc5ccccc45)CC3)c2)cc1OCc1ccc(OC(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 4CK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20260 Cc1ccc(-c2ccc3c(c2)c(C)c(C)n3CCC2CCCCC2)cc1OCc1ccc(OC(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 4CK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20261 O=C(NC1CCN(c2cnc(F)cn2)CC1)c1ccc(N2CCNC(C(=O)O)CC2)cc1 AlphaDrug 4CJP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20262 O=C(NC1CCN(c2cccc(Cl)c2)CC1)c1ccc(N2CCNC(C(=O)O)CC2)cc1 AlphaDrug 4CJP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20263 O=C(O)C1CCN(c2ccc(-c3cccc(OCC4CC4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4CJP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20264 O=C(NC1CCN(c2ccccc2)CC1)c1ccc(N2CCNC(C(=O)O)CC2)cc1 AlphaDrug 4CJP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20265 O=C(NC1CCN(c2cc(Cl)ncn2)CC1)c1ccc(N2CCNC(C(=O)O)CC2)cc1 AlphaDrug 4CJP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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