DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20206 Cn1c(=O)c(N2CCOCC2)cn(-c2ccc(OCCNC(=O)c3cc4ccc(C(C)(C)C)cc4[nH]3)cc2)c1=O AlphaDrug 4ZO5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20207 Cn1nc(-c2cccc(NC(=O)c3cc4ccc(C(C)(C)C)cc4[nH]3)c2)c2ccccc21 AlphaDrug 4ZO5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20208 CC(C)(C)c1cc2c(-c3cccc(-c4nc(N5CCOC5)c5ccccc5n4)c3)n[nH]c2cc1Cl AlphaDrug 4ZO5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20209 Cc1ncc(NC(=O)c2cc3ccc(C(C)(C)C)cc3[nH]2)cc1-n1ccnc1 AlphaDrug 4ZO5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20210 CC(C)(C)c1ccc2cc(C(=O)Nc3cccc(-n4c(C(=O)O)nnc4-c4ccccc4)c3)[nH]c2c1 AlphaDrug 4ZO5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20211 CC(C)CN(c1ccc(OCC2CCCCC2)cc1)S(=O)(=O)Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5J8Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20212 CC(C)(C(=O)NC1CCCCC1)c1cccc(C#CCc2ccccc2C(=O)O)c1 AlphaDrug 5J8Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20213 CC(C)CC(O)C(=O)N(Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1)C(=O)NCC(=O)O AlphaDrug 5J8Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20214 CC(C)CN(C1CCNC1)S(=O)(=O)c1ccc(N2C=CN(c3ccc(C(F)(F)F)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5J8Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20215 C/C(=C\C(C)(C)C)C(C)C1CC(C)(C)CC(=O)NC1=O AlphaDrug 5J8Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20216 CC(C)Cn1c(=O)n(C2CCN(C(=O)C(C)(C)C)CC2)c2ccccc21 AlphaDrug 5J8Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20217 Cc1cc(-c2ccc(C(C)(C)C#CC(=O)O)cc2)ccc1-n1ccnc1 AlphaDrug 5J8Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20218 CC(C)CC(Nc1ccc(Cl)cc1)C(=O)NC(=O)C1CCCCC1 AlphaDrug 5J8Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20219 CC(C)CC1CCN(c2ccc(C(=O)CCc3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 5J8Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20220 CC(C)CN(c1ccc(C(C)(C)C)cc1)S(=O)(=O)Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5J8Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

20206 to 20220 of 73725 items. Total 4915 pages.