DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20176 CC(C)(C)c1cc(COc2ccc(-c3nc4ccc(C(=O)O)cc4o3)cc2)no1 AlphaDrug 5W1E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20177 CC(C)(C)OC(=O)Nc1ccc(-c2cccc(COc3ccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 5W1E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20178 CC(C)(C)OC(=O)Nc1ccc(-c2cccc(COc3ccc(-c4cccc(NS(C)(=O)=O)n4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 5W1E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20179 Cc1c(COc2ccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)cccc1-c1ccc(NC(=O)OC(C)(C)C)cc1 AlphaDrug 5W1E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20180 CC(C)(C)OC(=O)Nc1ccc(-c2cccc(COc3cccc(CC(=O)Nc4ccc(Cl)cc4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 5W1E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20181 O=C(NC1CCCCCC1C(=O)O)c1cc2ccccc2cc1OC(F)(F)F AlphaDrug 4CIG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20182 O=C(O)C1CC(c2ccc(-c3ccc(F)c(NS(=O)(=O)c4ccccc4)c3)cc2)C(=O)N(c2ccc(F)cn2)C1 AlphaDrug 4CIG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20183 O=C(COc1cc2ccccc2cc1C(=O)NC1CCCCCC1C(=O)O)NO AlphaDrug 4CIG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20184 O=C(NC1CCCCCC1C(=O)O)c1cc2ccccc2n(C2CCNCC2)c1=O AlphaDrug 4CIG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20185 O=C(NC1CCCCCC1C(=O)O)c1cc2ccccc2n1Cc1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4CIG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20186 O=C(O)CCc1cn(C2CCN(c3ccc(Cl)cc3Cl)CC2)c2ccccc12 AlphaDrug 4CIG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20187 O=C(NC1C=CCCCC1C(=O)O)c1cc2ccccc2cc1OCC1CCCCC1 AlphaDrug 4CIG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20188 O=C(O)COc1cccc(C2CCCC(C(=O)O)CC2)c1 AlphaDrug 4CIG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20189 O=C(NC1CCCCCC1C(=O)O)c1cc2ccc(OCc3ccccc3)cc2[nH]1 AlphaDrug 4CIG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20190 O=C(NC1C=CCCCC1C(=O)O)c1cc2ccccc2cc1OC1CCCCC1 AlphaDrug 4CIG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

20176 to 20190 of 73725 items. Total 4915 pages.