DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20161 Nc1nccc(Cl)c1-c1ccc(C(=O)NCc2cccc(Cl)c2)o1 AlphaDrug 6DH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20162 Nc1nccc(Cl)c1-c1ccc(C(=O)c2cccc(Cl)c2)o1 AlphaDrug 6DH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20163 Nc1nccc(Cl)c1-c1ccccc1/C(O)=C1/CCc2ccccc21 AlphaDrug 6DH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20164 Nc1nccc(F)c1-c1cc(Nc2cccc(OC(F)(F)F)c2)ccc1Cl AlphaDrug 6DH7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20165 Nc1nccc(Cl)c1C(=O)Nc1ccc(-c2cccc(Cl)c2)o1 AlphaDrug 6DH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20166 Nc1nccc(F)c1-c1cc2cccc(O)c2o1 AlphaDrug 6DH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20167 CCc1cccc(Oc2ccc(C(=O)O)cc2)c1OCC1CCCCC1=O AlphaDrug 6DH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20168 Nc1nccc(F)c1-c1ccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3cccc(Cl)c3)c2)o1 AlphaDrug 6DH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20169 Nc1nccc(Cl)c1-c1ccc(C(NC2CCCCC2)C(=O)NCc2ccc(Cl)cc2)s1 AlphaDrug 6DH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20170 Nc1nccnc1C(=O)c1ccc(C(CCC2CCCCC2)C2CCCCC2)o1 AlphaDrug 6DH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20171 CC(C)(C)OC(=O)Nc1ccc(-c2cccc(COc3ccc4ccccc4c3)c2)cc1 AlphaDrug 5W1E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20172 CC(C)(C)OC(=O)Nc1ccc(-c2cccc(COc3ccc(-c4cccc(C(F)(F)F)n4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 5W1E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20173 CC(C)(C)OC(=O)Nc1ccc(-c2cccc(COc3ccc(-c4ccc(F)cc4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 5W1E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20174 CC(C)(C)OC(=O)Nc1ccccc1-c1ccc(OCc2ccc(-c3nc4ccc(Cl)cc4s3)cc2)cc1 AlphaDrug 5W1E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20175 CC(C)(C)OC(=O)Nc1ccc(-c2cccc(COc3ccc(C(=O)O)cc3)c2COc2ccc(-c3nnn[nH]3)cc2)cc1 AlphaDrug 5W1E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

20161 to 20175 of 73725 items. Total 4915 pages.