DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20101 O=C(NC1CC=CCN1c1ccc(-c2ccc(Cc3nc(C(F)(F)F)no3)cc2)cc1)c1cccc(O)c1 AlphaDrug 5MNN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20102 Cc1ccccc1CCCn1c(C)nc(-c2ccc(C)c(C(=O)NC3CCCCCCC3)c2)c1C AlphaDrug 5C3P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20103 Cc1ccc(-c2nc(NC(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc(NS(=O)(=O)c3cccc(F)c3)n2)cc1C(=O)NC1CCCCCC1 AlphaDrug 5C3P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20104 Cc1ccc(-c2nc(NC(=O)c3cccc(C#N)c3)cc(NS(=O)(=O)c3ccccc3)n2)cc1C(=O)NC1CCCCCC1 AlphaDrug 5C3P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20105 Cc1ccc(CCN2CCC(C(=O)Nc3cccc(-c4ccccn4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5C3P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20106 Cc1ccc(C(CCSCC(=O)N2CCC(C(=O)N3CCCC3)CC2)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5C3P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20107 Cc1ccc(COc2ccc(NC(=O)c3ccc(C#N)cc3)c(N)n2)cc1 AlphaDrug 5C3P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20108 Cc1ccc(-c2nc(NC(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc(NS(=O)(=O)c3ccccc3Cl)n2)cc1C(=O)NC1C=CCCCC1 AlphaDrug 5C3P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20109 Cc1ccc(-c2cccc(C(C)(C)C)c2)cc1C(=O)NCCc1ccc(NS(=O)(=O)c2ccccc2Cl)cc1 AlphaDrug 5C3P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20110 Cc1ccc(-c2nc(NC(=O)C3CCCCC3)c3cc(Cl)cnn23)cc1C(=O)NC1CCCCCC1 AlphaDrug 5C3P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20111 Cc1ccc(-c2nc(C#N)cc(NC(=O)c3cnc(C(F)(F)F)s3)n2)cc1C(=O)NC1CCCCCC1 AlphaDrug 5C3P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20112 CC1(C)CCN(c2ccc3nc(-c4c(N)cc(C(N)=O)cc4F)[nH]c3c2)CC1 AlphaDrug 6MJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20113 O=C(C1CCCCC1)N1CCC(n2cc(-c3cnc4ccc(NC5CCN(CCO)CC5)cc4c3)cn2)CC1 AlphaDrug 6MJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20114 Cn1cc(-c2ccc3cc(C(=O)c4nn(-c5ccc(N6CCC(C)(C)CC6)cc5)c5ncnc(N)c45)[nH]c3c2)cn1 AlphaDrug 6MJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20115 Cc1c(-c2ccnc(N3CCCC(C)(C)CC3)c2)cnn1C AlphaDrug 6MJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

20101 to 20115 of 73725 items. Total 4915 pages.