DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20056 CC(NC(=O)C(/C=C/c1ccccn1)C(O)Cc1ccccc1)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 6ROT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20057 Cc1ccc(/C=C/C(C(=O)NC(C)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)C(O)Cc2ccccc2)cc1O AlphaDrug 6ROT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20058 CC(NC(=O)C(/C=C/c1ccncn1)C(O)Cc1ccccc1)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 6ROT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20059 CC(NC(=O)C(/C=C/c1ccccn1)C(O)Cc1ccccc1)c1ccccn1 AlphaDrug 6ROT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20060 CC(C)CCN(CCC1CCCCC1)C(=O)Sc1ccc(-c2ccc(C(=O)NCC(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 4UYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20061 CC(C)CCN(C)C(=O)c1ccc2cc(C(=O)NS(=O)(=O)c3ccc4ccccc4c3)ccc2c1 AlphaDrug 4UYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20062 CC(C)CCN(C)C(=O)c1ccc2cc(C3(C(=O)NCC(=O)O)CC3)ccc2c1 AlphaDrug 4UYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20063 CCc1cc(OCC(=O)O)cc(C2CC2)c1Oc1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 4UYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20064 CC(C)CCN(C)C(=O)c1cccc(-c2ccc(C3(C(=O)NC4CC(N)C(C(C)O)C(O)C4)CC3)cc2)c1 AlphaDrug 4UYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20065 CC(C)CCN(C)C(=O)c1ccc2cc(C3(O)CCCN(S(=O)(=O)CC4(C)CCC4)C3)ccc2c1 AlphaDrug 4UYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20066 CC(Cc1ccc(C(=O)C(C)C)cc1)Oc1cc(-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)nc(NC2CCCC2)n1 AlphaDrug 4UYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20067 CC(C)CCN(C)C(=O)c1cccc(COc2cccc(C(=O)NS(C)(=O)=O)c2)c1 AlphaDrug 4UYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20068 CC(C)CCN(C)C(=O)c1ccc2cc(C(=O)NS(=O)(=O)c3ccc4c(c3)OCCO4)ccc2c1 AlphaDrug 4UYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20069 CC(C)CCN(C)C(=O)c1ccc2cc(-c3ccc(C(=O)NCC(O)CSc4nccc(-c5ccccc5)n4)cc3)ccc2c1 AlphaDrug 4UYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20070 COc1ccc(C(=O)Nc2cc(NC3Cc4ccc(C(F)(F)F)cc4C3C)cc(NS(C)(=O)=O)n2)cc1 AlphaDrug 6HTG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

20056 to 20070 of 73725 items. Total 4915 pages.