DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20026 COc1ccc(CC2C=CCN(CC3(c4ccc(F)cc4)CCCCC3)CC2)c2ccc(C(=O)O)cc12 AlphaDrug 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20027 CO/C1=C/N=C(/c2cccc(C(C)(O)c3cccc(F)c3)c2)Nc2cc(C(=O)O)cc(c2)C2CC=C2c2ccccc21 AlphaDrug 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20028 COc1cccc(-c2cc(C(C)(O)c3ccc(C4CCCCC4)cc3)cc(C3(c4ccc(C5CC5)cc4)CCCC3)c2)c1 AlphaDrug 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20029 COc1cc(C2=NC(O)CN(c3ccc(C4(c5cc(C(=O)O)ccc5OC)CCCCC4)cc3)C2)ccc1C1=CCC=C1 AlphaDrug 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20030 CC(C)NC(=O)c1ccc(CN2CCN(c3ccnc(N)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 4ZZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20031 CC(C)NC(=O)c1ccc(-c2nc(-c3ccccc3)c3ncc(-c4ccc(C(=O)NO)cc4)n3n2)s1 AlphaDrug 4ZZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20032 CC(CC1CCCCCC1)NC(=O)c1ccc(-c2ccc3ccccc3c2)cc1 AlphaDrug 4ZZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20033 CC(C)NC(=O)c1ccc(-c2nc(-c3cccc(Cl)c3)c3ncc(-c4ccc(F)cc4)n3n2)s1 AlphaDrug 4ZZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20034 CC(C)NC(=O)c1ccc(-c2nc(-c3ccccc3)c3ncc(-c4ccc(C(=O)OCC5CC5)cc4)n3n2)s1 AlphaDrug 4ZZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20035 CC(C)NC(=O)c1ccc(-c2nn(-c3ccc(F)cc3)c3ccnc(N)c23)cc1 AlphaDrug 4ZZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20036 CC(C)NC(=O)c1ccc(-c2nc(N3CCN(S(C)(=O)=O)CC3)c3ncc(-c4ccc(F)cc4)n3n2)cc1 AlphaDrug 4ZZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20037 CC(C)NC(=O)c1cc(-c2ccc(F)cc2)sc1NC(=O)NC(C(=O)NC(C)(C)C)C(C)C AlphaDrug 4ZZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20038 Cc1[nH]ncc1-c1cnc2c(-c3ccccc3)nc(-c3ccc(C(=O)NC(C)C)s3)nn12 AlphaDrug 4ZZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20039 CSc1c(-c2ccc(C(N)=O)cc2)cc2cnc(Nc3ccc(C(=O)NC(C)C)cc3F)nn12 AlphaDrug 4ZZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20040 N=C(N)c1ccc(C2(c3cccc(Cl)c3)CCOCCN2C(=O)/N=C/c2ccc(Cl)cc2Cl)cc1 AlphaDrug 5ZYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

20026 to 20040 of 73725 items. Total 4915 pages.