Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
19981	COc1ccc(CC2CCCN(CC3(c4ccc(F)cc4)CCCCC3)CC2)c2ccccc12	AlphaDrug	1DXO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19982	COc1cc(C2=NC(O)CN(c3ccc(C4(c5cc(C6CCCCC6)ccc5C)CCCC4)cc3)C2)ccc1C1=CCCC1	AlphaDrug	1DXO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19983	CO/C1=C/N=C(/c2ccc(Oc3cccc(O)c3)cc2)Nc2cc(C(=O)O)cc(c2)C2CC=C2c2ccccc21	AlphaDrug	1DXO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19984	COc1cc(OCc2ccc(C(=O)O)cc2)cc(-c2ccc(-c3cccc(C(=O)O)c3)cc2)c1	AlphaDrug	1DXO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19985	COc1ccc(C2=C(c3ccc(-c4ccc(C5CCCCC5)o4)cc3)CCCC2)cc1C(N)=O	AlphaDrug	1DXO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19986	COc1cc(C2=NC(O)CN(c3ccc(C4(c5cc(Cl)cc(C(=O)O)c5)CCC4)cc3)C2)ccc1C1=CCCC1	AlphaDrug	1DXO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19987	CO/C1=C/N=C(/c2cccc(C(C)(O)c3cccc(Cl)c3)c2)Nc2cc(C(=O)O)cc(c2)C2CC=C2c2ccccc21	AlphaDrug	1DXO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19988	COc1ccc(CC2C=CCN(CC3(c4ccc(F)cc4)CCCCC3)CC2)c2cc(C(=O)O)ccc12	AlphaDrug	1DXO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19989	CO/C1=C/N=C(/c2cccc(C(O)c3ccccc3)c2)Nc2cc(C(=O)O)cc(c2)C2CC=C2c2ccccc21	AlphaDrug	1DXO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19990	COc1ccc(C2=C(c3ccc(-c4ccc(C5CCN(CC6CCCCC6)CC5)o4)cc3)CCCC2)cc1C(N)=O	AlphaDrug	1DXO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19991	COc1ccc(CC2CCCN(CC3(c4ccc(F)cc4)CCCCC3)CC2)c2ccc(C(=O)O)cc12	AlphaDrug	1DXO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19992	COc1cccc(-c2cc(-c3ccc(C4CCCC4)cc3)cc(C(C)(O)c3ccc(C4(C(=O)O)CCC4)cc3)c2)c1	AlphaDrug	1DXO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19993	COc1ccc(CC(O)C2CCC3/C=C\C=C/C=C2/C=C2CCCCCC\C=C/2C(O)CCC3C)c(OC)c1	AlphaDrug	1DXO	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19994	COc1ccc(CC2CCCN(CC3(c4ccc(F)cc4)CCCCC3)CC2)cc1-c1ccc2c(c1)CCCC2	AlphaDrug	1DXO	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19995	COc1ccc(C(C)(O)c2cc(C3=CC(O)c4ccccc43)cc(-c3cccc(OC)c3)c2)cc1	AlphaDrug	1DXO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

19981 to 19995 of 73725 items. Total 4915 pages.