DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20011 COc1cc(C2=NC(O)CN(c3ccc(C4(c5ccc(C)c(N)c5)CC4)cc3Cl)C2)ccc1C1=CCCC1 AlphaDrug 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20012 COc1cc(C2CCCCCC2C(=O)Nc2ccc(C3CCCCC3)cc2)ccc1C(=O)O AlphaDrug 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20013 COc1cc(C2=NC(O)CN(c3ccc(C4(c5cc(C6CC6)ccc5-c5ccc(F)cc5)CCCC4)cc3)C2)ccc1C1=CCCC1 AlphaDrug 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20014 COc1cc(C2=NC(O)CN(c3ccc(C4(c5ccc(C6CCCCC6)cc5)CCCC4)cc3)C2)ccc1C1=CCCC1 AlphaDrug 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20015 COc1cccc(-c2cc(-c3cccc(OC)c3)cc(C(C)(O)c3ccc(C4CCC4)cc3)c2)c1 AlphaDrug 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20016 COc1ccc(CC2CCCN(CC3(c4ccc(F)cc4)CCCCC3)CC2)cc1-c1ccc(C)cc1 AlphaDrug 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20017 COc1cccc(-c2cc(C3(C)CCC(O)C3)cc(C(C)(O)c3ccc(C4CCCCC4)cc3)c2)c1 AlphaDrug 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20018 COc1ccc(CC2CCCN(CC3(c4ccccc4)CCCCC3)CC2)c2ccccc12 AlphaDrug 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20019 COc1cc(C2=NC(O)CN(c3ccc(C4(c5cc(C6CCCCC6)ccc5-c5ccc(F)cc5C)CCCC4)cc3)C2)ccc1C1=CCCC1 AlphaDrug 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20020 CO/C1=C/N=C(/c2cccc([SH](C)(=O)O)c2)Nc2cc(C(=O)O)cc(c2)C2CC=C2c2ccccc21 AlphaDrug 1DXO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20021 COc1ccc(C(C)(O)c2cc(C3=NC(=O)CN(c4ccc(C5CC5)cc4)C3)cc(-c3cccc(OC)c3)c2)cc1 AlphaDrug 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20022 COc1cccc(-c2cc(C3CCCCC3)cc(C(C)(O)c3ccc(C4CCCCC4)cc3)c2)c1 AlphaDrug 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20023 COc1cc(C2=NC(O)CN(c3ccc(C4(c5cc(C)cc(C(=O)O)c5)CCCCC4)cc3)C2)ccc1C1=CC=CC1 AlphaDrug 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20024 CO/C1=C/N=C(/c2cccc(C(O)(O)F)c2)Nc2cc(C(=O)O)cc(c2)C2CC=C2c2ccccc21 AlphaDrug 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20025 COc1cc(C2=NC(O)CN(c3cccc(C4(c5cccc(C(=O)O)c5)CCCC4)c3)C2)ccc1C1=CCCC1 AlphaDrug 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

20011 to 20025 of 73725 items. Total 4915 pages.