Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
20116	Cc1cnc(N)c(F)c1-c1nc2ccc(N3CCC(C)(C)CC3)cc2[nH]1	AlphaDrug	6MJA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20117	CC1(C)CCN(c2ccc(-n3nc(C(=O)c4ccc5ccccc5c4)c4ccccc43)cc2)CC1	AlphaDrug	6MJA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20118	CC1(C)CCN(c2ccc(-n3nc(C(=O)c4cc5ccc(Cc6ccccc6)cc5[nH]4)c4cc(C(=O)O)ccc43)cc2)CC1	AlphaDrug	6MJA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20119	CC1(C)CCN(c2ccc(NC(=O)NCC(F)(F)F)cc2)CC(C)(C)O1	AlphaDrug	6MJA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20120	CC1(C)CCN(c2ccc(-n3nc(-c4ccc(N5CCN(CCO)CC5)nc4)cc(CO)c3=O)cc2)CC1	AlphaDrug	6MJA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20121	CC1(C)CCC(N2Cc3ncnc(-c4ccc(C(N)=O)nc4)c3C2=O)CC1	AlphaDrug	6MJA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20122	Cc1c(N)nc(N)nc1-c1ccc(NC(=O)Nc2ccc(N3CCN(C)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	6HK4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20123	CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	6HK4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20124	Cc1cc(Nc2nc(N)nc3ccsc23)c(Cl)nc1SCc1ccc(C(=O)NC2CCN(C(=O)NC3CC3)CC2)cc1	AlphaDrug	6HK4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20125	COc1ccc(-n2nc(C(=O)Nc3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2NC(=O)NC2CCCCN2)cc1	AlphaDrug	6HK4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20126	CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	6HK4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20127	CNC(C)C(=O)N1CCC(Nc2nc(NC(=O)NC3CCCC(N(C)C)C3)nc(C)c2C)CC1	AlphaDrug	6HK4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20128	CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	6HK4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20129	CNC(=O)c1ccc(-c2n[nH]c(-c3cnc(N)nc3C)n2)cc1	AlphaDrug	6HK4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20130	O=C(O)c1cccc(-c2nn(Cc3ccccc3)cc2-c2cnn(CC3CCN(C(=O)C(F)F)CC3)c2)c1	AlphaDrug	6HK4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

20116 to 20130 of 73725 items. Total 4915 pages.