DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20131 Cc1c(N)nc(N)nc1-c1ccc(NC(=O)Nc2ccc(OCCN(C)C)cc2)cc1 AlphaDrug 6HK4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20132 O=C(Nc1nc(-c2ccc(F)cc2)nc2c1ncn2C1COC2OC(O)C(O)C(O)C(O1)C2O)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5OTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20133 O=C1N=Cc2c1c1c3ccccc3n3c1c1c2c2ccccc2n1C1COC(O)C(O)C3O1 AlphaDrug 5OTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20134 N#Cc1ccc(NC2CC2)cc1-c1ccc(C(=O)NCC2COC(O)C2)cc1 AlphaDrug 5OTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20135 O=C1N=Cc2c1c1c3ccccc3n3c1c1c2c2ccccc2n1C1COC(O)C(O)C3O1 AlphaDrug 5OTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20136 O=C(O)C1CC(O)CN(c2ncnc3c(NC4CC4)nc(-c4ccccc4)nc23)C1 AlphaDrug 5OTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20137 O=C(Nc1ccc2nc(Nc3ccc(C4CCN(C(=O)NCCO)CC4)cc3)ncc2c1)c1ccccc1 AlphaDrug 5OTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20138 O=C1N=Cc2c1c1c3ccccc3n3c1c1c2c2ccccc2n1C1COC(O)C(O)C3O1 AlphaDrug 5OTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20139 CN1N=C2C(=NC(c3ccc(C(F)(F)F)cc3)=C1NS(=O)(=O)c1ccccc1)C1CN(C3CCCCC3)CC(O1)C2O AlphaDrug 5OTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20140 O=C1N=Cc2c1c1c3ccccc3n3c1c1c2c2cccnc2n1C1COC(O)C(O)C3O1 AlphaDrug 5OTR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20141 Cc1ccc(C(=O)Cc2ccc(N(C)C)cc2)cc1Nc1nc(-c2ccc3cc(C(C)(C)C)ccc3c2)no1 AlphaDrug 4XXH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20142 CN(C)c1ccc(-c2ccc(C(=O)c3cc(O)c4ccc(-c5ccc(F)cc5)cc4n3)c(F)c2)cc1 AlphaDrug 4XXH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20143 Cc1ccc(C(=O)Cc2ccc(N(C)C)cc2)cc1Oc1ccc(F)cc1 AlphaDrug 4XXH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20144 Cc1ccc(C(=O)Cc2ccc(N(C)C)nc2-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 4XXH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20145 Cc1ccc(C(=O)Cc2ccc(N(C)C)cc2)cc1Nc1cnnc(-c2ccccc2)c1 AlphaDrug 4XXH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

20131 to 20145 of 73725 items. Total 4915 pages.