DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20191 Cn1cc(-c2ccc(CN3CCC(c4ccc5cc(C(=O)NS(C)(=O)=O)ccc5c4)C3)cc2)cn1 AlphaDrug 5LLP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20192 CS(=O)(=O)N1CCC(Nc2ccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)c3ccccc23)CC1 AlphaDrug 5LLP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20193 NS(=O)(=O)Oc1ccc(CSc2nc3ccccc3c(=O)n2-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5LLP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20194 O=C(NC1CCC(Oc2ccccc2)CC1)c1cc(-c2ccccc2)c2ccccc2c1 AlphaDrug 5LLP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20195 CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O AlphaDrug 5LLP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20196 Clc1ccc(-c2nnc(C3CC3)n2Cc2cc(-c3ccccc3)cc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 5LLP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20197 CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O AlphaDrug 5LLP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20198 c1ccc(-c2nc3ccccc3c(-c3ccccc3)c2-c2ccc3ccccc3c2)cc1 AlphaDrug 5LLP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20199 CS(=O)(=O)c1ccc(Nc2cc(C(=O)Nc3ccc(Cl)c(Cl)c3)n(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)n2)cc1 AlphaDrug 5LLP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20200 CS(=O)(=O)Nc1ccc(C(=O)N2CCC(c3ccc(C(=O)Nc4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)CC2)c(-c2ccccc2)c1 AlphaDrug 5LLP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20201 CC(C)(C)c1ccc2cc(C(=O)Nc3cccc(-n4cc(Nc5ncc(C(F)(F)F)cn5)cc4-c4cccnc4)c3)[nH]c2c1 AlphaDrug 4ZO5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20202 Cn1cc(NC(=O)c2cc3ccc(C(C)(C)C)cc3[nH]2)c2cnccc21 AlphaDrug 4ZO5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20203 CC(C)(C)NC(=O)c1cc2ccc(C(C)(C)C)cc2[nH]1 AlphaDrug 4ZO5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20204 CC(C)(C)c1ccc2cc(C(=O)Nc3cccc(OC(F)(F)F)c3)[nH]c2c1 AlphaDrug 4ZO5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20205 Cc1ccc(OCC(F)(F)F)cc1-n1cncc1NC(=O)c1cc2ccc(C(C)(C)C)cc2[nH]1 AlphaDrug 4ZO5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

20191 to 20205 of 73725 items. Total 4915 pages.