DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20266 O=C(NC1CCN(c2ncc(F)cn2)CC1)c1ccc(N2CCNC(C(=O)O)CC2)cc1 AlphaDrug 4CJP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20267 Cc1ccccc1CN1CCN(c2ccc(C)c(S(=O)(=O)c3ccc(N4CCN(c5ccccn5)CC4)cc3)n2)CC1 AlphaDrug 4CJP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20268 O=C(O)C1C=CN(c2ccc(-c3ccc(N4CCN(C(F)(F)F)CC4)cc3)cc2)CCN1 AlphaDrug 4CJP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20269 O=C(NCc1cccc(Cl)c1)c1ccc(N2CCNC(C(=O)O)CC2)cc1 AlphaDrug 4CJP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20270 Cc1c(N2CCNC(C(=O)O)CC2)nc2c(c1F)CCN(c1ccc(Cl)cc1)CC2 AlphaDrug 4CJP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20271 CC(=O)NCc1cccc(-c2cccc(-c3cccc(NC(=O)Nc4ccc(C)c(C)c4)c3)c2)c1 AlphaDrug 4X3K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20272 Cc1cccc(-c2ccc(O)c(C(=O)Nc3cc(C(=O)O)cc(-c4ccc(C(C)CC(C)C(=O)O)cc4)n3)c2)c1 AlphaDrug 4X3K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20273 Cc1cc(NC(=O)Nc2cccc(-c3cccc(-c4ccccc4)c3)c2)cn(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1=O AlphaDrug 4X3K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20274 Cc1cc(NC(=O)Nc2cccc(-c3cccc(CO)c3)c2)ccc1C(=O)Nc1ccccc1 AlphaDrug 4X3K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20275 Cc1cccc(CC(CC(C)C(=O)O)C(=O)c2cccc(CNC(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)c1 AlphaDrug 4X3K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20276 Cc1ccc(NC(=O)Nc2cccc(-c3ccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)nc3)c2)cc1C AlphaDrug 4X3K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20277 Cc1cc(NC(=O)Nc2cccc(-c3cccc(-c4cccc5[nH]c(=O)oc45)c3)c2)cc(C)c1C AlphaDrug 4X3K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20278 Cc1cc(NC(=O)Nc2cccc(-c3cccc(-c4cccc5[nH]c(=O)ccc45)c3)c2)cc(OCC(=O)N(C)C)c1C AlphaDrug 4X3K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20279 Cc1cccc(C(=O)Nc2cc(C)c(C(=O)c3cccc(C(=O)O)c3)c(C)c2Cl)c1 AlphaDrug 4X3K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20280 Cc1ccc(NC(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)cc1C AlphaDrug 4X3K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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