DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20281 Cc1cccc(C2=NC(N3CCN(c4ccc(C(F)(F)F)cc4)CC3)C2)c1 AlphaDrug 6CVV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20282 Cc1cc(Cl)ccc1-c1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(F)cc2-c2ccc(N3CCC(N4CCCC4)CC3)nc2)cc1 AlphaDrug 6CVV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20283 Cc1cc(-c2cccc(OC(F)(F)F)c2)cc2[nH]c(-c3ccccc3)cc12 AlphaDrug 6CVV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20284 Cc1cc(Cl)ccc1CC(NC(=O)N1CCN(c2ccccc2)CC1)C(=O)NCc1ccc(F)cc1 AlphaDrug 6CVV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20285 Cc1cc(C2(O)CCC(NC(=O)c3ccccc3)C2O)cc2c(C)cccc12 AlphaDrug 6CVV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20286 CN1CCN(c2nnc3cc(-c4ccc(F)cc4)ccc3c2C(F)(F)F)CC1 AlphaDrug 6CVV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20287 Cc1ccc(CC2C(NCC3C(=O)N(c4ccccc4)C3CO)C23CCC3)cc1Cl AlphaDrug 6CVV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20288 Cc1cccc2c1CCN(C1CCCN(C(=O)C3=Nc4ccccc4C3)C1)C2=O AlphaDrug 6CVV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20289 Cc1ccc(C)c(NC(=O)c2cc(-c3ccccc3)cc(-c3ccccc3)c2)c1 AlphaDrug 6CVV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20290 Cc1cc(C(=O)NCc2ccc(OC(F)F)cc2)cc2c1ccn2C AlphaDrug 6CVV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20291 NC(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc3nc(-c4cccc(N5CCSCC5)c4)ccc3c2)cc1 AlphaDrug 5D2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20292 NC(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc3nc(-c4cccc(NS(=O)(=O)c5ccccc5)c4)ccc3c2)cc1 AlphaDrug 5D2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20293 N=C(N)c1ccc(C2=CCCCC2c2ccc(NC(=O)c3ccc4ccccc4n3)cc2)cc1 AlphaDrug 5D2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20294 NC(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc3ncnc(NC(=O)CN4CCCC4)c3c2)cc1 AlphaDrug 5D2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20295 NC(=O)c1cccc(-c2ccc(C(=O)NCc3cccc(NC(=O)c4ccc5ccccc5n4)c3)s2)n1 AlphaDrug 5D2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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